Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,730,354 | T→C | V423A (GTA→GCA) | lhr → | putative ATP‑dependent helicase Lhr |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,730,354 | 0 | T | C | 95.6% | 143.1 / ‑1.7 | 45 | V423A (GTA→GCA) | lhr | putative ATP‑dependent helicase Lhr |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (25/18); total (26/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 |
CGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGTATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGACACCACCGCATAATCCTCTCGACGTCCTTGCG > NC_000913/1730220‑1730481 | cGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTa > 2:857498/1‑140 (MQ=255) tGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTaaa < 1:437859/140‑1 (MQ=255) tCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGTATCTAAAggg > 2:572104/1‑140 (MQ=255) cGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGc < 1:424451/140‑1 (MQ=255) gAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTAc > 1:774241/1‑140 (MQ=255) gggATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCg > 2:786503/1‑140 (MQ=255) gggATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCg < 2:774241/140‑1 (MQ=255) tGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTc > 1:5693/1‑140 (MQ=255) cgcgGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGAtt > 2:29985/1‑140 (MQ=255) cgcgGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGAtt > 2:430270/1‑140 (MQ=255) cgGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTcc > 1:277438/1‑140 (MQ=255) cgGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTcc > 2:415958/1‑140 (MQ=255) cgGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTcc > 2:474125/1‑140 (MQ=255) ggTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCg > 2:512943/1‑140 (MQ=255) ggATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAg < 2:524214/140‑1 (MQ=255) ggATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAg < 2:30325/140‑1 (MQ=255) gATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGt < 1:474125/140‑1 (MQ=255) aTCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTc > 2:774046/1‑140 (MQ=255) tCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCa < 2:321090/140‑1 (MQ=255) gTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTACATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGt > 2:352304/1‑140 (MQ=255) tGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTa < 1:774046/140‑1 (MQ=255) ttCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTagag > 2:376569/1‑140 (MQ=255) ttCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTagag < 1:502484/140‑1 (MQ=255) tCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAgt > 1:843297/1‑140 (MQ=255) ggTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGt > 1:693729/1‑126 (MQ=255) ggTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGt < 2:693729/126‑1 (MQ=255) aaCGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCg > 1:829164/1‑140 (MQ=255) ccgcTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCgcagg < 2:277438/140‑1 (MQ=255) ccgcTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTACATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCgcagg < 1:352304/140‑1 (MQ=255) tGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTgg > 2:884841/1‑140 (MQ=255) gTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGa < 1:884841/140‑1 (MQ=255) gTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGa > 1:649659/1‑140 (MQ=255) gCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGaaaa < 2:829164/140‑1 (MQ=255) ccAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAAc > 1:892560/1‑140 (MQ=255) tGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGa > 1:800983/1‑140 (MQ=255) tGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGa < 2:843297/140‑1 (MQ=255) gggTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGac > 2:210318/1‑140 (MQ=255) gTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGacac < 1:786503/140‑1 (MQ=255) tACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGTATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGAcacca < 1:572104/140‑1 (MQ=255) tACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGAcacca < 1:376569/140‑1 (MQ=255) cgcCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGACACCACCGCATAATCCTCTCg > 1:129866/1‑140 (MQ=255) gcCGGACATCAGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGACACCACCGCATAATCCTCTCGa > 1:741616/1‑140 (MQ=255) aGGTTGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGACACCACCGCATAATCCTCTCGACGTCCTTgcg > 1:831188/1‑140 (MQ=255) tGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGACACCACCGCATAATCCTCTCGACGTCCtt > 1:773351/1‑133 (MQ=255) tGGCGGTGCATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGACACCACCGCATAATCCTCTCGACGTCCtt < 2:773351/133‑1 (MQ=255) | CGTGGTCGCAACCTCCAGTCTTGAACTGGGGATTGATATGGGCGCGGTGGATCTGGTGATTCAGGTGGCAACGCCGCTTTCTGTTGCCAGTGGGTTACAACGCATTGGTCGCGCCGGACATCAGGTTGGCGGTGTATCTAAAGGGCTGTTTTTCCCCCGTACCCGGCGTGATTTAGTCGATTCCGCAGTCATTGTAGAGTGTATGTTCGCAGGCAGGCTGGAAAACCTGACACCACCGCATAATCCTCTCGACGTCCTTGCG > NC_000913/1730220‑1730481 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |