Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,283,780 | T→C | V213A (GTT→GCT) | kbaY → | tagatose‑1,6‑bisphosphate aldolase 1 subunit KbaY |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,283,780 | 0 | T | C | 99.1% | 390.0 / ‑5.6 | 111 | V213A (GTT→GCT) | kbaY | tagatose‑1,6‑bisphosphate aldolase 1 subunit KbaY |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (49/61); minor base G (1/0); total (50/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGT > NC_000913/3283646‑3283913 | cGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCgg > 1:1010964/1‑140 (MQ=255) cGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCgg < 1:321553/140‑1 (MQ=255) cGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATg < 1:1276194/140‑1 (MQ=255) aCAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGaa > 2:29918/1‑140 (MQ=255) ccTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTg > 1:1634624/1‑140 (MQ=255) ccTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTg > 2:134290/1‑140 (MQ=255) cTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGt > 2:790173/1‑140 (MQ=255) cTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCG‑‑CGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTcc > 2:200596/1‑140 (MQ=255) tGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTc < 1:790173/140‑1 (MQ=255) tGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTc < 2:597278/140‑1 (MQ=255) tGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTc < 1:1482709/140‑1 (MQ=255) gCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCg < 1:1120227/140‑1 (MQ=255) gCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCg < 1:247599/140‑1 (MQ=255) gTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCg < 1:449319/140‑1 (MQ=255) gTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCg < 1:962810/140‑1 (MQ=255) gTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCg < 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< 2:407380/138‑1 (MQ=255) cAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGaa > 1:407380/1‑138 (MQ=255) cAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGaa > 1:107490/1‑138 (MQ=255) cAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACg > 1:1599728/1‑140 (MQ=255) cAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACg > 1:533955/1‑140 (MQ=255) cAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACg > 2:1289851/1‑140 (MQ=255) aaaaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGTGTCACAAAAGTGAACGt > 1:1623069/1‑140 (MQ=255) aaaaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGt > 2:1308080/1‑140 (MQ=255) aaaaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGt > 1:814761/1‑140 (MQ=255) aaaaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGt > 1:912912/1‑140 (MQ=255) aaaaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGt > 2:516686/1‑140 (MQ=255) cGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGcc > 1:1021488/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tgcATGGTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCg < 1:1382091/134‑1 (MQ=255) gTGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGAt < 1:1289851/140‑1 (MQ=255) tGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCa < 2:243289/129‑1 (MQ=255) tGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCa > 1:243289/1‑129 (MQ=255) tGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATc > 1:1349812/1‑140 (MQ=255) tGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATc > 2:1345542/1‑140 (MQ=255) tGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATc < 1:1345542/140‑1 (MQ=255) tGCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATc > 2:1626919/1‑140 (MQ=255) gCCAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATcc < 1:35679/140‑1 (MQ=255) cAGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTc < 2:1349812/140‑1 (MQ=255) aGCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCg < 2:291308/140‑1 (MQ=255) gCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGt > 1:568015/1‑140 (MQ=255) gCGATGCTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGt > 1:479245/1‑140 (MQ=255) gCGATGCTCCGGATCAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGt < 2:1021488/140‑1 (MQ=255) | CGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGT > NC_000913/3283646‑3283913 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |