Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 888,876 | A→G | V315A (GTA→GCA) | ybjL ← | putative transport protein YbjL |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 888,876 | 0 | A | G | 97.6% | 275.6 / ‑2.3 | 82 | V315A (GTA→GCA) | ybjL | putative transport protein YbjL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (39/41); total (40/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.02e-01 |
ATCGCCGCTGACTTGTAAAACGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTACAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGATCGAAAACTTCTTTACCGTTACGGAAGCTGGGATCGAGTCGGGCATGGGCGTCGGGATAGCCTACCAA > NC_000913/888740‑889006 | aTCGCCGCTGACTTGTAAAACGTCTCCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAg > 2:959804/1‑140 (MQ=255) cgcTGACTTGTAAAACGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTa > 2:896519/1‑140 (MQ=255) tGACTTGTAAAACGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATgg < 2:1618275/140‑1 (MQ=255) tGACTTGTAAAACGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTAACTGCAGCGTTATgg > 2:330828/1‑140 (MQ=255) gACTTGTAAAACGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGt < 2:1372615/140‑1 (MQ=255) aaaCGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACg < 2:293236/140‑1 (MQ=255) aaaCGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACg > 2:1562591/1‑140 (MQ=255) aCGTCTCCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGAc < 1:959804/140‑1 (MQ=255) aCGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGAc < 2:71312/140‑1 (MQ=255) cGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGGCGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTACAGCGTTATGGTTTTTAACGAc > 2:1148326/1‑139 (MQ=255) cGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGAc < 1:1433500/139‑1 (MQ=255) cGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGAc > 2:1433500/1‑139 (MQ=255) cGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTACAGCGTTATGGTTTTTAACGAc < 1:1148326/139‑1 (MQ=255) cGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCCCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGAcc > 2:886247/1‑140 (MQ=255) tCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATgg < 2:1256172/126‑1 (MQ=255) tCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATgg > 1:1256172/1‑126 (MQ=255) aCCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCActt > 1:1155444/1‑140 (MQ=255) aCCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCActt < 1:1562591/140‑1 (MQ=255) gTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAg < 2:2552/140‑1 (MQ=255) ttAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGt < 2:674168/140‑1 (MQ=255) aGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGAc > 1:383755/1‑140 (MQ=255) gacgTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATAc > 2:887838/1‑140 (MQ=255) acgTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACg < 1:316480/140‑1 (MQ=255) cgTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGc < 1:283557/140‑1 (MQ=255) cgTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGc > 2:918866/1‑140 (MQ=255) cgTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGc > 2:34378/1‑140 (MQ=255) tATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGaa > 1:886175/1‑140 (MQ=255) cGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGt < 1:171257/140‑1 (MQ=255) gCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCa < 2:383755/140‑1 (MQ=255) aTCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACg > 2:1080404/1‑140 (MQ=255) tctcAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGa > 2:1394711/1‑140 (MQ=255) aTCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGATCGaa < 2:1575360/140‑1 (MQ=255) aTCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGATCGaa < 1:896519/140‑1 (MQ=255) aTCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGATCGaa < 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(MQ=255) cGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGATCGAAAACTTCTTTACCGTTACGGAAGCTGGGATCGAGTTGGGCATGGGCGTCGGGATAGCCt > 1:284769/1‑140 (MQ=255) cGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGATCGAAAACTTCTTTACCGTTACGGAAGCTGGGATCGAGTCGGGCa > 1:441936/1‑122 (MQ=255) cGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGATCGAAAACTTCTTTACCGTTACGGAAGCTGGGATCGAGTCGGGCa < 2:441936/122‑1 (MQ=255) cGAGACGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGATCGAAAACTTCTTTACCGTTACGGAAGCTGGGATCGAGTCGGGCATGGGCGTCGGGATAGCCt > 2:1528949/1‑140 (MQ=255) gaCGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGATCGAAAACTTCTTTACCGTTACGGAAGCTGGGATCGAGTCGGGCATGGGCGTCGGGATAGCCTAcc < 2:1171992/140‑1 (MQ=255) cGTTTACCTGCAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGATCGAAAACTTCTTTACCGTTACGGAAGCTGGGATCGAGTCGGGCATGGGCGTCGGGATAGCCTACCaa < 2:678924/140‑1 (MQ=255) | ATCGCCGCTGACTTGTAAAACGTCACCTTTGTTAAGCACGACGTTGTCATCTATCGGCATCTCAATCTGGCTACGAATGACGCGGTTAAGGAAGCAACCGTGATCGGTCAACTTCAGTTGTGCGAGACGTTTACCTACAGCGTTATGGTTTTTAACGACCACTTCTTCAGTGACGATACGCATGTCGAGAAGGTCACGATCGAAAACTTCTTTACCGTTACGGAAGCTGGGATCGAGTCGGGCATGGGCGTCGGGATAGCCTACCAA > NC_000913/888740‑889006 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |