| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,302,034 | 0 | C | T | 27.6% | 152.1 / 68.7 | 98 | A240A (GCG→GCA) | napA | periplasmic nitrate reductase subunit NapA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/32); new base T (16/11); total (55/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GAAGTCCTGATTTATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCAGAGGATCGGGTGCATTTCCGCCATGTTTGCGCCCCACAGCACAAACGCGTCAGCCTGCTCGATGTCGTCATAGCAGCCCATCGGCTCAT > NC_000913/2301899‑2302173 | gaagTCCTGATTTATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCa < 2:650048/140‑1 (MQ=255) tCCTGATTTATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGt > 2:1271843/1‑140 (MQ=255) ccTGATTTATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGTGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCCCCGCCACGGTg < 2:928213/140‑1 (MQ=255) ccTGATTTATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACTGCCACGGTg < 2:753203/140‑1 (MQ=255) gATTTATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACg > 2:814403/1‑140 (MQ=255) gATTTATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACg > 2:463469/1‑140 (MQ=255) aTTTATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACGt < 2:263895/140‑1 (MQ=255) tttATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACGtt < 1:633999/140‑1 (MQ=255) ttATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACGTTc < 1:1401440/140‑1 (MQ=255) tATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACTGCCACGGTGACGTTCt < 1:672409/140‑1 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ttGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAgac > 1:676206/1‑140 (MQ=255) ttGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAgac < 1:514831/140‑1 (MQ=255) tGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACTGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAgacg < 1:491663/140‑1 (MQ=255) tGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAgacg < 1:219455/140‑1 (MQ=255) aaTGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACTGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAgacgac < 1:603844/140‑1 (MQ=255) aTGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGacgacg < 1:612936/140‑1 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> 2:490184/1‑140 (MQ=255) aTGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGa < 1:814403/140‑1 (MQ=255) tAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACTGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCa > 1:1230413/1‑140 (MQ=255) aGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTACAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACTGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCag > 2:586177/1‑140 (MQ=255) tCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCAGAgg > 2:1339338/1‑140 (MQ=255) gATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACTGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCAGAGGATCg > 1:756285/1‑140 (MQ=255) 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tagAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCACGACCAGAGGATCGGGTGCATTTCCGCCATGTTTGCGCCCCACAGCACAAACGCGTCAGCCTGCTCGATGTCGTCATAGCAGccc < 1:553128/140‑1 (MQ=255) agAAAGCACTGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCAGAGGATCGGGTGCATTTCCGCCATGTTTGCGCCCCACAGCACAAACGCGTCAGCCTGCTCGATGTCGTCATAGCAGCCCa < 2:1408564/140‑1 (MQ=255) agAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCAGAGGATCGGGTGCATTTCCGCCATGTTTGCGCCCCACAGCACAAACGCGTCAGCCTGCTCGATGTCGTCATAGCAGCCCa < 1:689171/140‑1 (MQ=255) gAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCAGAGGATCGGGTGCATTTCCGCCATGTTTGCGCCCCCCAGCACAAACGCGTCAGCCTGCTCGATgtcgt < 2:1399938/127‑1 (MQ=255) gAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCAGAGGATCGGGTGCATTTCCGCCATGTTTGCGCCCCCCAGCACAAACGCGTCAGCCTGCTCGATgtcgt > 1:1399938/1‑127 (MQ=255) gAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCAGAGGATCGGGTGCATTTCCGCCATGTTTGCGCCCCACAGCACAAACGCGTCAGCCTGCTCGAt < 2:1324665/122‑1 (MQ=255) 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cGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCAGAGGATCGGGTGCATTTCCGCCATGTTTGCGCCCCACAGCACAAACGCGTCAGCCTGCTCGATGTCGTCATAGCAGCCCATCGGCTCAt > 1:959313/1‑140 (MQ=255) cGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCAGAGGATCGGGTACATTACCGCCATGTTTGCGCCCCACAGCACAAACGCGTCAGCCTGCTCGATGTCGTCATAGCAGCCCATCGGCTCAt > 1:992319/1‑140 (MQ=255) | GAAGTCCTGATTTATCGCATTGTTTTGAATGATATAGTTGGCGATGTAGTTCAGGATCACCAGGTCAGATTGCGGCGTAAAGATGATGCCGTTATCCGCCAGCTCGAAGCTACGATGCTGGTAGGTAGAAAGCACCGCCACGGTGACGTTCTGGTTAGAGAGACGACGGTTAGTGATGCGCGACCAGAGGATCGGGTGCATTTCCGCCATGTTTGCGCCCCACAGCACAAACGCGTCAGCCTGCTCGATGTCGTCATAGCAGCCCATCGGCTCAT > NC_000913/2301899‑2302173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |