| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,821,867 | (A)8→9 | intergenic (‑248/+51) | chbB ← / ← osmE | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIB component/osmotically‑inducible lipoprotein OsmE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,821,859 | 1 | . | A | 97.3% | 263.0 / ‑1.0 | 75 | intergenic (‑240/+59) | chbB/osmE | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIB component/osmotically‑inducible lipoprotein OsmE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base A (44/29); total (46/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATAGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CC‑AA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCA > NC_000913/1821742‑1821993 | tataGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGc > 1:1015741/1‑140 (MQ=255) aGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCgg > 2:239945/1‑140 (MQ=255) aCCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGtt > 1:359921/1‑140 (MQ=255) cTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTc > 2:437199/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGTGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CC‑AA‑AGAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgt > 1:763284/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgt > 2:663608/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgt > 2:1130500/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgt > 2:382548/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgt > 2:1039207/1‑140 (MQ=255) aGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCgt > 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taAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAAt > 1:950681/1‑140 (MQ=255) aaaTTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAAtt < 1:66099/140‑1 (MQ=255) ttGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGAt < 1:1130500/140‑1 (MQ=255) tGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGAtt > 1:1120830/1‑140 (MQ=255) ctcCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTc > 2:741892/1‑140 (MQ=255) tcCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCg < 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tGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGc < 1:239945/140‑1 (MQ=255) gtgGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTgg > 1:42860/1‑140 (MQ=255) tgGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGa > 1:859625/1‑140 (MQ=255) ggTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGAt < 2:859625/140‑1 (MQ=255) ttATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCa < 1:403086/140‑1 (MQ=255) ttATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCa < 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ctTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTAtt > 2:995352/1‑140 (MQ=255) caTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca > 1:27392/1‑140 (MQ=255) caTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 1:58568/140‑1 (MQ=255) caTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca > 2:682507/1‑140 (MQ=255) caTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGca < 2:1022091/140‑1 (MQ=255) aTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGcac > 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aGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTatca > 2:559468/1‑140 (MQ=255) aGG‑CCAAA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTatca > 1:917384/1‑140 (MQ=255) | TATAGACCTGAGCAATAGTATTTCTTTGACCTTATAAATTGTTTCTCCTTGACCTGTGGTTATGACCCTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGG‑CC‑AA‑A‑AAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCA > NC_000913/1821742‑1821993 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |