| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 593,357 | T→C | T472A (ACA→GCA) | cusS ← | sensory histidine kinase CusS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 593,357 | 0 | T | C | 96.6% | 200.0 / ‑0.1 | 60 | coding (1414/1443 nt) | cusS | sensory histidine kinase CusS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (30/27); minor base . (1/1); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
TTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCAAAC > NC_000913/593232‑593490 | ttttATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCg > 1:805008/1‑140 (MQ=255)ttttATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCg > 1:545496/1‑140 (MQ=255) tttATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGa > 1:1053031/1‑140 (MQ=255) ttATGAATTGTGGCAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGAc < 1:862168/140‑1 (MQ=255) aTGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGt < 2:1048554/140‑1 (MQ=255) aCAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAAcc > 2:981424/1‑140 (MQ=255) aGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGt < 1:21673/140‑1 (MQ=255) ttACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTG‑CCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTa > 2:494889/1‑140 (MQ=255) tACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTa < 1:1029264/140‑1 (MQ=255) tACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTa > 1:686824/1‑140 (MQ=255) gTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGacaaca < 2:188902/140‑1 (MQ=255) gTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGacaaca > 1:395275/1‑140 (MQ=255) tATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGAcaacaa > 2:188467/1‑140 (MQ=255) tGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATc > 2:887956/1‑140 (MQ=255) tGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATc > 1:1117334/1‑140 (MQ=255) cTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGAt < 2:686824/140‑1 (MQ=255) tATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGAtt < 2:1117334/140‑1 (MQ=255) tGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCa > 2:1006937/1‑140 (MQ=255) tGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCa > 1:1005993/1‑140 (MQ=255) tGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCa > 1:79438/1‑140 (MQ=255) cGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACt > 2:803878/1‑140 (MQ=255) cGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACt < 2:1005993/140‑1 (MQ=255) gCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTAt > 2:190666/1‑140 (MQ=255) cGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAAt > 1:87306/1‑125 (MQ=255) cGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAAt < 2:87306/125‑1 (MQ=255) cGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGc < 1:190666/140‑1 (MQ=255) cGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGc < 1:115954/140‑1 (MQ=255) cGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGc < 2:541392/140‑1 (MQ=255) cGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGc < 1:887956/140‑1 (MQ=255) ttttACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGcc < 2:50507/140‑1 (MQ=255) ttACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCAGCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCaa < 1:904578/140‑1 (MQ=255) cTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCg < 2:1118553/140‑1 (MQ=255) ggTTGTAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCt > 2:1003340/1‑140 (MQ=255) ggTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCt > 1:847821/1‑140 (MQ=255) ggTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCt > 2:214076/1‑140 (MQ=255) ggTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCt > 2:652802/1‑140 (MQ=255) gTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTa > 1:892443/1‑140 (MQ=255) gTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTa > 2:873021/1‑140 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTc < 1:188467/140‑1 (MQ=255) aaGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCAc > 1:936849/1‑140 (MQ=255) ttGCTGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCtt > 2:1163168/1‑140 (MQ=255) ttGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTAcc < 1:206920/132‑1 (MQ=255) ttGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTAcc > 2:206920/1‑132 (MQ=255) ttGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCtt > 2:1024378/1‑140 (MQ=255) ttGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCtt > 1:51509/1‑140 (MQ=255) cGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCg > 1:395812/1‑140 (MQ=255) cGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCg < 2:545496/140‑1 (MQ=255) tttGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCt < 2:395275/140‑1 (MQ=255) tGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGCCAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCgg < 2:805008/140‑1 (MQ=255) aaGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGa < 2:1053031/140‑1 (MQ=255) ttAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTG‑CCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTc < 1:494889/140‑1 (MQ=255) aaGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCa < 1:1003340/140‑1 (MQ=255) aGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCaa < 2:308780/140‑1 (MQ=255) aGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCaa < 2:1006255/140‑1 (MQ=255) ggTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGAAGGGGGCAAcggg > 2:760462/1‑138 (MQ=255) tgtgATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGa < 2:892443/140‑1 (MQ=255) tgATAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGaaa < 2:395812/140‑1 (MQ=255) tAACAAACCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACgg > 2:176625/1‑140 (MQ=255) aaCCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCaaa > 1:985941/1‑140 (MQ=255) aCCTTGCCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCAAAc > 1:148616/1‑140 (MQ=255) | TTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCAAAC > NC_000913/593232‑593490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |