| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 3653230 | NA (NA) | 114 (1.320) | 70/276 | 0.1 | 96.6% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3766089 | 4 (0.050) | coding (3907/4134 nt) | rhsA | rhs element protein RhsA | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3653093‑3653230‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG < NC_000913/3766089‑3765952 AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCT < 2:1412651/140‑1 TCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAga > 2:1453542/1‑138 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CTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAG > 2:161391/1‑133 CTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAG < 1:522453/133‑1 TGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGTAGGGCTTTTGG > 2:1454640/1‑140 GTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGG > 1:508561/1‑140 GTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTT > 2:347744/1‑137 GTTCGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTT < 1:347744/137‑1 CGCACCTTTCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTTTGCAGGGCTTTTGGGCCA < 1:791486/140‑1 CGCACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCA > 2:1058162/1‑140 CACCTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATG > 2:1461028/1‑140 CTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAA < 2:664502/140‑1 CTTCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAA > 1:262790/1‑140 TCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATT < 1:1030226/140‑1 TCCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATT < 1:559331/140‑1 CCCTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG > 1:907142/1‑140 AAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3653093‑3653230‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATGCTAGTCCCGGATTATTCAATATTAGAGAGTCAAATATTCTTTGTGATGCTGTATCGTTCCACCATTTTGTCAATGCTTTTGCAGCATTATCATCTGCTTGCTGCTGTGCAGGGCTTTTGGGCCATGGAATTG < NC_000913/3766089‑3765952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |