| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,145,150 | A→G | T386A (ACC→GCC) | pflD → | putative formate acetyltransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,145,150 | 0 | A | G | 98.9% | 327.5 / NA | 93 | T386A (ACC→GCC) | pflD | putative formate acetyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (41/51); minor base C (1/0); total (42/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTACCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACGGC > NC_000913/4145018‑4145284 | aaCGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTa < 2:14945/139‑1 (MQ=255)aaCGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTa > 1:14945/1‑139 (MQ=255) cGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTc > 1:1261305/1‑140 (MQ=255) ttCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCaaa > 2:792876/1‑140 (MQ=255) tttGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGc > 1:435849/1‑129 (MQ=255) tttGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGc < 2:435849/129‑1 (MQ=255) ttGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTCCCGCACCCGACCCTCGGCGTGCGCACTACCGCTTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACg < 2:839645/140‑1 (MQ=255) ttGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACg < 2:909186/140‑1 (MQ=255) ttGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACg > 1:1231975/1‑140 (MQ=255) gCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGAt > 1:144225/1‑140 (MQ=255) ccTTGACGCCGATAAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGACCCTCGGCGTGCCCACTACCGCTTTGATCGCCACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATg < 2:1261305/140‑1 (MQ=255) cTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGa < 1:1356024/140‑1 (MQ=255) ttGCCGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCACCCGAACTTCGGCGTGCGCACAACCGCTTTAATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGaa < 2:968368/140‑1 (MQ=255) ttGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGaa < 1:1039493/140‑1 (MQ=255) ttGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGaa < 1:792876/140‑1 (MQ=255) tGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAg > 2:1084656/1‑140 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1:1349312/132‑1 (MQ=255) aaCCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGa > 2:1349312/1‑132 (MQ=255) ccgAAACCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTccc > 1:60449/1‑140 (MQ=255) ccgAAACCATTCGCTTCAGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTccc > 2:824853/1‑140 (MQ=255) aaCCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCa < 1:207378/140‑1 (MQ=255) aCCATTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAg < 2:261501/140‑1 (MQ=255) aTTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGc > 1:270336/1‑135 (MQ=255) aTTCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGc < 2:270336/135‑1 (MQ=255) ttCGCTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAAcc < 2:575666/140‑1 (MQ=255) cTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACg < 2:1502072/140‑1 (MQ=255) cTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACg > 1:172131/1‑140 (MQ=255) cTTCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACg < 1:1333910/140‑1 (MQ=255) cTTCAGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACg < 1:824853/140‑1 (MQ=255) tCGGTGCCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACGGc < 2:590299/140‑1 (MQ=255) | AACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTACCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACGGC > NC_000913/4145018‑4145284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |