| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 156,532 | A→G | S118P (TCT→CCT) | yadN ← | putative fimbrial protein YadN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 156,532 | 0 | A | G | 99.0% | 340.7 / ‑5.4 | 98 | S118P (TCT→CCT) | yadN | putative fimbrial protein YadN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (60/37); total (60/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TAAACAGCAGATTTTGTCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGACATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCAACG > NC_000913/156396‑156668 | tAAACAGCAGATTTTGTCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCAt > 2:106106/1‑140 (MQ=255) aCAGCAGATTTTGTCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTc < 1:55716/140‑1 (MQ=255) gcagATTTTGTCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCgtt > 2:701149/1‑140 (MQ=255) cagATTTTGTCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCgttg > 1:1013548/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAAc > 2:356157/1‑140 (MQ=255) aTCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAAc > 2:1006467/1‑140 (MQ=255) aTCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAAc > 2:889634/1‑140 (MQ=255) cGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCaaa < 1:243491/127‑1 (MQ=255) cGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCaaa > 2:243491/1‑127 (MQ=255) cGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCg > 2:267715/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCg < 2:1013548/140‑1 (MQ=255) gCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAAc > 1:1064596/1‑132 (MQ=255) gCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAAc < 2:1064596/132‑1 (MQ=255) gCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGa > 2:1474121/1‑140 (MQ=255) gCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGa > 1:1003244/1‑140 (MQ=255) gCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGa > 1:110520/1‑140 (MQ=255) 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1:1366866/1‑140 (MQ=255) tCAGATGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGttt > 1:135337/1‑140 (MQ=255) aTGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGtttagct > 1:100108/1‑140 (MQ=255) tGGGTTGTTAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGtttagctt > 2:363656/1‑140 (MQ=255) ttgttAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGtttagctttagc > 1:1054860/1‑140 (MQ=255) tAATAGGCATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCa > 2:1409658/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) | TAAACAGCAGATTTTGTCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGACATGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCAACG > NC_000913/156396‑156668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |