| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,251,954 | A→G | T297A (ACC→GCC) | dhaR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator DhaR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,251,954 | 0 | A | G | 96.5% | 185.8 / ‑1.9 | 57 | T297A (ACC→GCC) | dhaR | DNA‑binding transcriptional dual regulator DhaR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (29/26); total (29/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
TTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGG > NC_000913/1251819‑1252087 | ttAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAg > 1:28822/1‑140 (MQ=255) ttgccccGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTa < 1:289785/136‑1 (MQ=255) tccccGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTAtt < 1:160004/138‑1 (MQ=255) aCCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTa < 1:767398/137‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCt < 1:1226982/138‑1 (MQ=255) ttGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAACCCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCa < 2:1346034/140‑1 (MQ=255) gCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATc < 1:576729/140‑1 (MQ=255) caaGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCtgt > 2:246430/1‑140 (MQ=255) aGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTgg > 2:219032/1‑140 (MQ=255) aCAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTACATCCTGTGGAACAGATGc < 1:1224251/140‑1 (MQ=255) aGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCgg < 1:246430/140‑1 (MQ=255) ggCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGc > 2:502672/1‑140 (MQ=255) gCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCa > 1:286020/1‑140 (MQ=255) gCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCa > 1:765353/1‑140 (MQ=255) cacaTCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAg < 1:871585/140‑1 (MQ=255) tCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTtga 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(MQ=255) cAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCtt < 2:765353/140‑1 (MQ=255) cAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCtt < 1:219032/140‑1 (MQ=255) gCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCg < 2:809629/140‑1 (MQ=255) cAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCa < 1:1266277/140‑1 (MQ=255) aGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCat < 1:1369976/140‑1 (MQ=255) tttATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCatat > 2:661067/1‑140 (MQ=255) tATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGc > 1:720434/1‑140 (MQ=255) aTTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGcc > 2:913190/1‑140 (MQ=255) gCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGa < 1:409776/140‑1 (MQ=255) ggTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACg < 2:526069/140‑1 (MQ=255) tAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAAccc > 1:670775/1‑140 (MQ=255) tAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAAccc > 1:1115144/1‑140 (MQ=255) tAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAAccc > 1:1071504/1‑140 (MQ=255) ataataGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCtt > 2:52746/1‑140 (MQ=255) ataataGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCtt > 2:1503630/1‑140 (MQ=255) ataataGAAACGCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCtt > 1:1184880/1‑140 (MQ=255) gCAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTg > 1:1461420/1‑140 (MQ=255) cAGGGAGCCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTgg > 1:1152036/1‑140 (MQ=255) | TTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGG > NC_000913/1251819‑1252087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |