| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,915,448 | (G)6→7 | intergenic (‑248/+105) | glmU ← / ← atpC | fused N‑acetylglucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase and glucosamine‑1‑phosphate acetyltransferase/ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,915,442 | 1 | . | G | 95.7% | 242.1 / 3.0 | 69 | intergenic (‑242/+111) | glmU/atpC | fused N‑acetylglucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase and glucosamine‑1‑phosphate acetyltransferase/ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base G (32/34); total (34/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
CGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGC‑AAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACT > NC_000913/3915303‑3915575 | cGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCATATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACa < 2:206763/140‑1 (MQ=255) gATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑gg > 2:1230820/1‑140 (MQ=255) gATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑gg < 1:132462/140‑1 (MQ=255) aTTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg < 2:593078/140‑1 (MQ=255) aTTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg < 2:494669/140‑1 (MQ=255) aTTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg < 2:1256576/140‑1 (MQ=255) ttATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg‑g < 1:912055/140‑1 (MQ=255) ttATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg‑g > 1:996473/1‑140 (MQ=255) ttATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg‑g < 1:589426/140‑1 (MQ=255) ttATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGAACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg‑g < 1:209073/140‑1 (MQ=255) tATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg‑gg < 2:1003311/140‑1 (MQ=255) tCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg‑gggg > 2:666319/1‑139 (MQ=255) tCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg‑gggg > 2:1353356/1‑139 (MQ=255) ccccGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg‑ggggt < 1:861453/140‑3 (MQ=255) ccccGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg‑ggggt < 2:312460/140‑3 (MQ=255) ccccGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg‑ggggt < 1:123097/140‑3 (MQ=255) ccccGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg‑ggggt < 1:666319/140‑3 (MQ=255) cGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGG‑GGGgtttt > 2:572748/1‑139 (MQ=255) gCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg > 1:150945/1‑131 (MQ=255) gCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggg < 2:150945/131‑1 (MQ=255) gCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGG‑GGGgtttta > 1:626824/1‑138 (MQ=255) cTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTtat > 1:197031/1‑140 (MQ=255) cTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTtat > 1:1261343/1‑140 (MQ=255) tGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTtata < 1:1260739/140‑1 (MQ=255) aCGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATc > 1:147747/1‑140 (MQ=255) aCGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATc < 2:626824/140‑1 (MQ=255) gAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATcag > 2:1324115/1‑140 (MQ=255) gAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATcag < 1:1237877/140‑1 (MQ=255) aaGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTTCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATcagca < 2:165009/140‑1 (MQ=255) aaGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATcagca < 2:1261343/140‑1 (MQ=255) aaGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATcagca < 1:546035/140‑1 (MQ=255) aaGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATcagca < 2:1246463/140‑1 (MQ=255) aaGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATcagca < 2:467997/140‑1 (MQ=255) aaGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATcagca < 1:1230820/140‑1 (MQ=255) aaGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATcagca < 1:1022046/140‑1 (MQ=255) aGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATcagcag < 1:545230/140‑1 (MQ=255) cgcCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGa > 2:1335190/1‑140 (MQ=255) ttCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTAtgt < 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gCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGa < 2:914003/140‑1 (MQ=255) gCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGa < 1:1335190/140‑1 (MQ=255) ttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGa > 1:988912/1‑135 (MQ=255) ttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGa < 2:988912/135‑1 (MQ=255) tGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCacac > 2:1306127/1‑140 (MQ=255) cAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACAcgc > 1:598948/1‑140 (MQ=255) aGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGC‑aaaaaaaa > 1:651579/1‑140 (MQ=255) gTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGC‑AAAAAAAagccag > 2:814120/1‑140 (MQ=255) gTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGC‑AAAAAAAagccag > 2:831954/1‑140 (MQ=255) gTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGC‑AAAAAAAagccag > 1:291662/1‑140 (MQ=255) tACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGC‑AAAAAAAagccagc > 1:1247582/1‑140 (MQ=255) aCCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGG‑GGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGC‑AAAAAAAagccagcc > 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |