| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,448,907 | C→T | G72G (GGC→GGT) | chpB → | endoribonuclease toxin ChpB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,448,907 | 0 | C | T | 99.1% | 387.8 / ‑5.4 | 115 | G72G (GGC→GGT) | chpB | endoribonuclease toxin ChpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (54/60); total (55/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAG > NC_000913/4448770‑4449043 | ggTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGa > 1:123777/1‑140 (MQ=255) tGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAGCTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGAtg > 2:961625/1‑140 (MQ=255) tGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGAtg > 1:386019/1‑140 (MQ=255) ggTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCa < 2:1030561/140‑1 (MQ=255) ggTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCa < 2:354972/140‑1 (MQ=255) aCCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCg < 1:924662/140‑1 (MQ=255) aCCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCg < 1:89155/140‑1 (MQ=255) aCCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCg < 2:464905/140‑1 (MQ=255) aCCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCg < 1:731920/140‑1 (MQ=255) ccTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCgt > 2:870991/1‑140 (MQ=255) gcTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGc > 2:801057/1‑140 (MQ=255) gcTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGc > 1:435819/1‑140 (MQ=255) cTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCt < 2:817369/140‑1 (MQ=255) tgCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTg > 1:668071/1‑140 (MQ=255) ctctCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGaa < 1:616436/140‑1 (MQ=255) tctcCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAAt < 2:386019/140‑1 (MQ=255) ctcCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATc > 1:637717/1‑140 (MQ=255) ctcCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATc > 1:701324/1‑140 (MQ=255) ctcCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATc > 2:1319366/1‑140 (MQ=255) ctcCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATc > 1:106459/1‑140 (MQ=255) ctcCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATc > 2:1008826/1‑140 (MQ=255) tcCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCgtg > 1:762686/1‑126 (MQ=255) tcCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCgtg < 2:762686/126‑1 (MQ=255) tcCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCa > 2:1059260/1‑140 (MQ=255) cGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGGAGGGCGGAAATTTTGCCTGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGGGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAgg > 2:182986/1‑140 (MQ=255) gTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGt < 1:1059260/140‑1 (MQ=255) gTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGt > 2:1137813/1‑140 (MQ=255) gTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGt > 1:600121/1‑140 (MQ=255) ttCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTg > 2:1177788/1‑140 (MQ=255) cAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCg < 1:1000503/140‑1 (MQ=255) aaGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCgg < 1:1177788/140‑1 (MQ=255) gCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGgat < 1:580147/140‑1 (MQ=255) gCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGgat < 1:1319366/140‑1 (MQ=255) cTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGgatga < 2:394464/140‑1 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gACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGc > 1:1240119/1‑140 (MQ=255) cGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTg > 1:664143/1‑140 (MQ=255) cGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTg < 2:926542/140‑1 (MQ=255) cGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTg > 1:926542/1‑140 (MQ=255) tggtggCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCa < 1:1008826/140‑1 (MQ=255) tggtggCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCa < 2:1221526/140‑1 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aTTGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCggtg < 2:106459/140‑1 (MQ=255) tGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAgg < 2:638634/133‑1 (MQ=255) tGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAgg > 1:638634/1‑133 (MQ=255) tGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCg > 2:977566/1‑135 (MQ=255) tGCGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCg < 1:977566/135‑1 (MQ=255) cGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAgg > 2:1387234/1‑131 (MQ=255) cGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAgg < 1:1387234/131‑1 (MQ=255) cGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGtggtgg > 2:1263066/1‑140 (MQ=255) cGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGtggtgg > 2:1196412/1‑140 (MQ=255) cGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGtggtgg > 1:99340/1‑140 (MQ=255) cGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGtggtgg > 1:445388/1‑140 (MQ=255) cGAAGAAGGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGtggtgg > 1:231173/1‑140 (MQ=255) aagaagGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGaa > 1:96306/1‑140 (MQ=255) agaagGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAAt < 1:466648/140‑1 (MQ=255) gaagGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATa < 2:911188/140‑1 (MQ=255) gaagGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATa < 1:1196412/140‑1 (MQ=255) aagGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATaa > 1:645323/1‑140 (MQ=255) aagGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATaa < 2:96306/140‑1 (MQ=255) agGTGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAg < 2:123777/140‑1 (MQ=255) | GGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCATTACGCAGGGCGGAAATTTTGCCCGTTATGCCGGATTTAGCGTTCCTTTACATTGCGAAGAAGGCGATGTGCACGGCGTGGTGCTGGTGAATCAGGTGCGGATGATGGATCTACACGCCCGGCTGGCAAAGCGTATTGGTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAG > NC_000913/4448770‑4449043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |