Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 321,565 | A→G | intergenic (+484/‑43) | rclR → / → ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 321,565 | 0 | A | G | 96.3% | 280.7 / 2.6 | 81 | intergenic (+484/‑43) | rclR/ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (41/37); minor base . (1/2); total (42/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
AGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAACTCGGCTGT > NC_000913/321430‑321700 | agaaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACa < 2:931039/140‑1 (MQ=255) agaaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACa < 1:1181353/140‑1 (MQ=255) tAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCggg < 1:1199361/140‑1 (MQ=255) aaaTTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCa < 2:140853/140‑1 (MQ=255) aGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAAt < 2:497464/140‑1 (MQ=255) aGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAAt > 1:152681/1‑140 (MQ=255) aTTACATTTGACTTTTGATTGAAATATTATCATTTTTCATCAAAAATCGGGTTGTTATGTTTGCACCAAATTAAAAAAAAACGCCAAATTCTTTGATGATTAATCCCCGGGT‑GGGGGGG‑AACATCGGGCATAAATGGGCa < 2:227499/140‑1 (MQ=255) tGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCAt > 1:402461/1‑140 (MQ=255) tttGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAg < 2:234852/140‑1 (MQ=255) ttGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGt > 2:317748/1‑140 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa < 1:317748/140‑1 (MQ=255) aCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa < 1:122791/140‑1 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATgg < 1:1078591/140‑1 (MQ=255) ttGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAg < 1:876787/140‑1 (MQ=255) ttGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAg > 1:436404/1‑140 (MQ=255) ttGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAg < 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tggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 1:898413/133‑1 (MQ=255) tggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTAtt > 1:1015791/1‑140 (MQ=255) ttGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACg > 1:333032/1‑140 (MQ=255) gCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGcc > 1:428670/1‑140 (MQ=255) gCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGcc < 1:91009/140‑1 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAcc > 1:106415/1‑124 (MQ=255) 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aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTg > 1:1307411/1‑140 (MQ=255) aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTg > 1:401423/1‑140 (MQ=255) aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTg > 2:1175581/1‑140 (MQ=255) aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTg > 2:1055681/1‑140 (MQ=255) aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTg < 2:436404/140‑1 (MQ=255) gCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGa > 2:9120/1‑140 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atttattGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTc < 2:1307411/140‑1 (MQ=255) ttGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgc < 2:819651/140‑1 (MQ=255) tgatgaTTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgct > 1:331183/1‑140 (MQ=255) gattgatCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTa < 2:401423/140‑1 (MQ=255) gattgatCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTa > 2:385493/1‑140 (MQ=255) attgatCCCCCGGT‑GGGGGGGGCACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTAc > 1:45937/1‑140 (MQ=255) attgatCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTAc > 2:990317/1‑140 (MQ=255) attgatCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTAc > 2:5976/1‑140 (MQ=255) tgatCCCCCGGT‑GGGGGGG‑AACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTcc > 1:896186/1‑127 (MQ=255) tgatCCCCCGGT‑GGGGGGG‑AACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTcc < 2:896186/127‑1 (MQ=255) atCCCCCGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGa > 1:249397/1‑140 (MQ=255) ccccGGT‑GGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAGTGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGaaaa > 2:1245477/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ggggggCACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAACTCGGCTg > 2:822417/1‑140 (MQ=255) ggggggAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAACTCGGCTg < 2:331183/140‑1 (MQ=255) ggggGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAACTCGGCTGt < 2:1015791/140‑1 (MQ=255) ggggGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAACTCGGCTGt < 2:266098/140‑1 (MQ=255) | AGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAACTCGGCTGT > NC_000913/321430‑321700 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |