| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 321,564 | (G)7→8 | intergenic (+483/‑44) | rclR → / → ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 321,557 | 1 | . | G | 95.0% | 207.6 / 2.5 | 60 | intergenic (+476/‑51) | rclR/ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base G (30/27); total (31/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGT‑GGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGA > NC_000913/321419‑321687 | gCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGT‑g < 2:940409/140‑1 (MQ=255)gCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGT‑g > 1:395756/1‑140 (MQ=255) gATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGT‑ggg < 1:516449/140‑1 (MQ=255) tGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGT‑ggggg < 1:15445/140‑1 (MQ=255) 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1:930703/140‑1 (MQ=255) tttGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGaa > 1:467929/1‑140 (MQ=255) ttGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAg > 2:111637/1‑140 (MQ=255) ttGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAg > 2:1071565/1‑140 (MQ=255) tGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGt > 2:59996/1‑140 (MQ=255) cGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAAt < 2:395756/140‑1 (MQ=255) 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2:512905/1‑140 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGcc > 2:143557/1‑140 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGcc > 2:316770/1‑140 (MQ=255) aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCt > 1:846148/1‑140 (MQ=255) aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCt > 1:392239/1‑140 (MQ=255) gCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTg > 1:447841/1‑140 (MQ=255) 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1:231005/1‑140 (MQ=255) ttAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATc > 2:753492/1‑140 (MQ=255) aaaGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGaa < 1:143557/140‑1 (MQ=255) ccATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACga < 1:316770/140‑1 (MQ=255) atatTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACgaga < 2:231005/140‑1 (MQ=255) atttattGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACt < 2:447841/140‑1 (MQ=255) 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1:273125/140‑1 (MQ=255) ttGATGATT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtg > 2:523956/1‑140 (MQ=255) gatgatT‑GATCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgct > 2:961945/1‑140 (MQ=255) att‑gatCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTa > 2:202123/1‑140 (MQ=255) att‑gatCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTa > 1:1147819/1‑140 (MQ=255) att‑gatCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTa < 1:512905/140‑1 (MQ=255) tt‑gatCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACgaga < 2:1070653/126‑1 (MQ=255) tt‑gatCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACgaga > 1:1070653/1‑126 (MQ=255) atCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTgg < 1:1071565/140‑1 (MQ=255) atCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTgg > 2:940740/1‑140 (MQ=255) atCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTgg > 1:364551/1‑140 (MQ=255) atCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTgg < 1:523956/140‑1 (MQ=255) tCCCCCGGTGGGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGa < 2:392239/140‑1 (MQ=255) | GCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATT‑GATCCCCCGGT‑GGGGG‑GGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGA > NC_000913/321419‑321687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |