| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,785,021 | (G)6→7 | intergenic (‑6/‑239) | yibN ← / → gpmM | putative sulfurtransferase YibN/2,3‑bisphosphoglycerate‑independent phosphoglycerate mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,785,015 | 1 | . | G | 97.8% | 164.6 / ‑3.2 | 46 | coding (1/432 nt) | yibN | putative sulfurtransferase YibN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (23/22); total (24/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
CGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCAT‑GGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGAATGCAATTTTGCGGGGCGCGACGAAAAAAAAGCGTAAATC > NC_000913/3784876‑3785147 | cgcgTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCAt < 2:816001/140‑1 (MQ=255) gcgTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCAT‑g > 1:1075358/1‑140 (MQ=255) gTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCAT‑ggg < 1:682030/140‑1 (MQ=255) tAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCAT‑gg > 1:244683/1‑138 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGCATAATTTCTTGCATGGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGAATGCAATTTTGCGGGGCGCGACGaaaaaa < 1:767971/140‑1 (MQ=255) cTTGCATGGGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGAATGCAATTTTGCGGGGCGCGACGAAAAAAAAGCGTAAATc > 1:335259/1‑140 (MQ=255) | CGCGTAGCTTCACCACGAGTAATCACCTTCACTTTCGAGGTCAGGCTCTTAAACGTAGTCACAAGAACCGCCACCAGTAACGCGATCCAGGCGATACTCAGTATGGGATGACGGCCAACAAATTGCATAATTTCTTGCAT‑GGGGGGTAACAACTCCCGACGTAGTGATTAAAAAAACCAGGAAAGGAGTATACCTGCGCGGTGCGGCAAATACAGCCAGCGCGTTAACTGGAATGCAATTTTGCGGGGCGCGACGAAAAAAAAGCGTAAATC > NC_000913/3784876‑3785147 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |