| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,857,096 | Δ2,538 bp | coding (4‑2541/2562 nt) | mutS → | DNA mismatch repair protein MutS |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2857096 | 2859633 | 2538 | 72 [0] | [0] 71 | mutS | DNA mismatch repair protein MutS |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2857095 | 0 (0.000) | 71 (1.040) | 42/276 | 0.4 | 100% | coding (3/2562 nt) | mutS | DNA mismatch repair protein MutS |
| ? | NC_000913 | 2859634 = | 0 (0.000) | coding (2542/2562 nt) | mutS | DNA mismatch repair protein MutS | |||||
GGAACCAGCATCAAGAACTCGCCGTTCGCTTCTTCCCCTGAAATGATTAACTCCGGTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGAGTGCAATAGAAAATTTCGACGCCCATACGCCCATGATGCAGCAGTATCTCAGGCTGAAAGCCCAGCATCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCAAAACGCGCG > NC_000913/2856956‑2857233 | ggAACCAGCATCAAGAACTCGCCGTTCGCTTCTTCCCCTGAAATGATTAACTCCGGTGTCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATg < 2:987192/140‑1 (MQ=255) gAACCAGCATCAAGAACTCGCCGTTCGCTTCTTCCCCTGAAATGATTAACTCCGGTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGc < 2:430805‑M1/140‑2 (MQ=255) cATCAAGAACTCGCCGTTCGCTTCTTCCCCTGAAATGATTAACTCCGGTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaa > 1:530471‑M1/1‑132 (MQ=255) aGAACTCGCCGTTCGCTTCTTCCCCTGAAATGATTAACTCCGGTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcc < 1:270226‑M1/140‑14 (MQ=255) gAACTCGCCGTTCGCTTCTTCCCCTGAAATGATTAACTCCGGTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcct < 2:30565‑M1/140‑15 (MQ=255) gAACTCGCCGTTCGCTTCTTCCCCTGAAATGATTAACTCCGGTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcct < 2:937515‑M1/140‑15 (MQ=255) aaCTCGCCGTTCGCTTCTTCCCCTGAAATGATTAACTCCGGTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctg < 1:640057‑M1/140‑16 (MQ=255) cGCCGTTCGCTTCTTCCCCTGAAATGATTAACTCCGGTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctg > 2:75867‑M1/1‑121 (MQ=255) cGCCGTTCGCTTCTTCCCCTGAAATGATTAACTCCGGTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctg < 1:75867‑M1/136‑16 (MQ=255) ccccTGAAATGATTAACTCCGGTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccga > 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gTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgct > 1:1070851‑M1/1‑85 (MQ=255) aTGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaa > 1:1123930‑M1/1‑80 (MQ=255) aTGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaa > 1:1073951‑M1/1‑80 (MQ=255) tgtgCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaac < 2:252098‑M1/140‑62 (MQ=255) tgtgCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaac > 1:1012619‑M1/1‑79 (MQ=255) tgtgCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaac > 2:378153‑M1/1‑79 (MQ=255) tgtgCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaac < 2:1130253‑M1/140‑62 (MQ=255) tgtgCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaac > 2:421022‑M1/1‑79 (MQ=255) cgcCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagggcctggtgtaataaaaattcccgatagtcttttgctaccggaaatattaccgaca > 2:1041740‑M1/1‑75 (MQ=255) cgcCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgaca > 1:391715‑M1/1‑75 (MQ=255) gcCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaa > 1:120654‑M1/1‑74 (MQ=255) cTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaact > 1:1115133‑M1/1‑72 (MQ=255) ttATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactg < 1:110650‑M1/140‑70 (MQ=255) tATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactga > 2:378035‑M1/1‑70 (MQ=255) tgtgATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacg > 2:523650‑M1/1‑68 (MQ=255) tgtgATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacg > 2:831624‑M1/1‑68 (MQ=255) tACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaa > 1:567465‑M1/1‑62 (MQ=255) aCAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaa < 2:1147972‑M1/140‑80 (MQ=255) cAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaat > 1:524608‑M1/1‑60 (MQ=255) cAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaat > 2:865646‑M1/1‑60 (MQ=255) aCGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataa > 1:827348‑M1/1‑58 (MQ=255) aaTAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaaca < 2:229004‑M1/140‑88 (MQ=255) aaTAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaaca < 2:1115133‑M1/140‑88 (MQ=255) aaTAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaaca < 1:523650‑M1/140‑88 (MQ=255) tAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacacc < 2:180621‑M1/140‑90 (MQ=255) tAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacacc < 2:827348‑M1/140‑90 (MQ=255) tAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacacc < 2:568770‑M1/140‑90 (MQ=255) tAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcatttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacacc < 2:530471‑M1/140‑90 (MQ=255) aaaaaCCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccc < 2:120654‑M1/140‑91 (MQ=255) aaaaaCCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccc < 2:524608‑M1/140‑91 (MQ=255) acCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACNTAACCCCATGcgnttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgnataaaataaaaacaccctgtataatagga > 2:830169‑M1/1‑38 (MQ=255) cccATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaa < 2:556860‑M1/140‑105 (MQ=255) cccATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaa < 1:412861‑M1/140‑105 (MQ=255) cccATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaa < 1:788169‑M1/140‑105 (MQ=255) aTTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataggaaagcttat > 1:66803‑M1/1‑33 (MQ=255) tCAGGGAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttac < 2:80808‑M1/140‑116 (MQ=255) gggAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagg > 1:443081‑M1/1‑22 (MQ=255) gggAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagg > 1:197987‑M1/1‑22 (MQ=255) gggAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagg > 2:830319‑M1/1‑22 (MQ=255) gggAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagg > 1:894409‑M1/1‑22 (MQ=255) gggAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttatttta > 1:755457‑M1/1‑22 (MQ=255) gggAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttatttta < 2:755457‑M1/136‑115 (MQ=255) ggAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacaggg > 1:720070‑M1/1‑21 (MQ=255) ggAACCGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacaggg > 1:415398‑M1/1‑21 (MQ=255) cGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaa > 2:898111‑M1/1‑16 (MQ=255) cGGACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaa > 2:58052‑M1/1‑16 (MQ=255) ggACATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaac < 1:1047173‑M1/140‑126 (MQ=255) aCATAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaacca > 2:168670‑M1/1‑13 (MQ=255) aTAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaaccatg > 2:928060‑M1/1‑11 (MQ=255) tAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaaccatgc < 2:720070‑M1/140‑131 (MQ=255) tAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaaccatgc < 2:894409‑M1/140‑131 (MQ=255) tAACCCCATGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaaccatgc < 2:415398‑M1/140‑131 (MQ=255) aTGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaaccatgccatctac > 1:907242‑M1/1‑3 (MQ=255) aTGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaaccatgccatctac > 1:17703‑M1/1‑3 (MQ=255) aTGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaaccatgc < 1:277238‑M1/133‑131 (MQ=255) aTGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaaccatgc > 2:277238‑M1/1‑3 (MQ=255) tGcgcttgaagagcctggtgtaataacaattcccgatagtcttttgctatcgggaatattaacgacaactgacgaataaaataaaaacaccctgtataataggaaagcttattttacagggtaaaaccatgccatctaca > 2:1105922‑M1/1‑2 (MQ=255) | GGAACCAGCATCAAGAACTCGCCGTTCGCTTCTTCCCCTGAAATGATTAACTCCGGTATCATGTGCGCCTTATGTGATTACAACGAAAATAAAAACCATCACACCCCATTTAATATCAGGGAACCGGACATAACCCCATGAGTGCAATAGAAAATTTCGACGCCCATACGCCCATGATGCAGCAGTATCTCAGGCTGAAAGCCCAGCATCCCGAGATCCTGCTGTTTTACCGGATGGGTGATTTTTATGAACTGTTTTATGACGACGCAAAACGCGCG > NC_000913/2856956‑2857233 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |