Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,634,086 | 0 | T | C | 23.5% | 152.6 / 51.5 | 85 | pseudogene (373/1607 nt) | yhiL | putative uncharacterized protein YhiL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/40); new base C (9/11); total (34/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTTGAAATTACCACTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATAAACGTATCAGTAGTATTGTCGGCGAATCTATTATATTCTTGAATATCTATAGAAGGTTCACTATTATAAAACCATACTTTCTC > NC_000913/3633952‑3634224 | tttGAAATTACCACTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATgg < 2:27449/140‑1 (MQ=255) tACCACTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGAt < 1:1060252/140‑1 (MQ=255) aCCACTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATa > 2:493529/1‑140 (MQ=255) aCCACTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATa > 2:1130519/1‑140 (MQ=255) cTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGCAATGGGAGACGATAAttt < 2:368671/140‑1 (MQ=255) agaagaGTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTaa < 1:270591/140‑1 (MQ=255) agaagaGTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTaa < 2:605440/140‑1 (MQ=255) agaagaGTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTaa < 1:690976/140‑1 (MQ=255) agagTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAacac < 2:771203/140‑1 (MQ=255) gagTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAAcaca < 1:821010/140‑1 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cccATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTa > 2:1073581/1‑133 (MQ=255) cccATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTa < 1:1073581/133‑1 (MQ=255) cccATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATaa > 2:684641/1‑140 (MQ=255) cccATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATaa > 2:348123/1‑140 (MQ=255) cccATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATaa > 1:221270/1‑140 (MQ=255) cccATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATaa > 2:269146/1‑140 (MQ=255) aTCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATAAACg < 1:757303/140‑1 (MQ=255) aTCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATAAACg < 1:493529/140‑1 (MQ=255) aTCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGCAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATAAACg > 1:874788/1‑140 (MQ=255) aaCTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATAAACGTAt < 1:102013/140‑1 (MQ=255) aaCTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATAAACGTAt < 2:766820/140‑1 (MQ=255) aCTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATAAACGTATc < 1:655451/140‑1 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |