Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,151,314 | C→T | A595A (GCG→GCA) | ppc ← | phosphoenolpyruvate carboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,151,314 | 0 | C | T | 96.2% | 74.6 / NA | 26 | A595A (GCG→GCA) | ppc | phosphoenolpyruvate carboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (23/2); minor base G (1/0); total (24/2) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCCAGAATCGCCCCGGTATAAAGCGACAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGCGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGATTAATGCATCCTGTGCCTGATATTGCGCCCAGGAAGCTGCCATC > NC_000913/4151179‑4151449 | ttCCAGAATCGCCCCGGTATAAAGCGACAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGtgccg < 2:476698/140‑1 (MQ=255) aGAATCGCCCCGGTATAAAGCGACAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATg > 1:189043/1‑140 (MQ=255) ccccGGTATAAAGCGACAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGt > 1:728458/1‑140 (MQ=255) ccccGGTATAAAGCGACAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGt > 1:483981/1‑140 (MQ=255) aGCGACAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCcgcg < 2:1074012/140‑1 (MQ=255) aCAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCa > 1:1070561/1‑140 (MQ=255) cAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCaa > 1:970382/1‑140 (MQ=255) cAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCaa > 1:478174/1‑140 (MQ=255) cAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCaa > 1:1066888/1‑140 (MQ=255) cAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCCTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCaa > 1:151611/1‑140 (MQ=255) ggCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATg > 2:956658/1‑140 (MQ=255) tgctgACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGaa > 2:282627/1‑140 (MQ=255) tgttttCTGCAACACCATATTAAAAGCGGATCTTCTCCCCCTGTTGGGTTCCGCGCGGCCCCCCTTCCAGGCTTCCTGGCGTTTGTGACAGCGGTGCCGCATGAGCGGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGa < 2:483981/137‑1 (MQ=255) ttttCTGGCATCCCTATTTTAAGGCGGATCCTCCCGCCTTTTTGGGTTAGGCGCGGGCCTCCTTGCAGCCTTCCGGGGGTTTTTGTCGGCATCGCCGCATGTGTAGGGGCGCCGCGGAGACTAATGGAACCGCCGCGAcc < 2:728458/139‑1 (MQ=255) ccATTTTTAAGGCGGATCACCCCCCCCTGTTCGGTTCCGCGCGGGCCGCTTTTCGGGCTTCCTGGGGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCGGGTGCCCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGt < 2:974367/140‑1 (MQ=255) tatTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAg > 2:460698/1‑140 (MQ=255) atcatcTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGc > 2:1102501/1‑140 (MQ=255) cGCCTTGTTGGGTTACGCGCAGGCCGCTTTTCAGGCTTCGGGGGGGTTGTGACAGCGGGGCCGCAGGAGCGGGGGCGCCGCCGCGACCAAGGAAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCg < 2:458489/140‑1 (MQ=255) cccttGTTGGGTTACGCGCGGGCCGCTTTCCAGCCTTCCGGGGGGTTGTGACAGCAGTCCCGCAGGAGCGGGTGCGCCGCCGCGACCAATGAAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGc < 2:490516/136‑1 (MQ=255) ccccTGTTCGGTTCCGCGCAGGCCGCTTTTCAGGCTTCCTGGGGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCGGGGGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGc < 2:1008944/139‑1 (MQ=255) ccTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAg > 1:1044558/1‑140 (MQ=255) ccTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAg > 2:896376/1‑140 (MQ=255) ccTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAg > 2:857641/1‑140 (MQ=255) gTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGtt > 2:201233/1‑140 (MQ=255) gTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGGGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGGGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGtt > 1:420782/1‑140 (MQ=255) ttCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGttt > 1:1008944/1‑140 (MQ=255) ttCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGgtt > 1:95004/1‑140 (MQ=255) ggTTCCGCGCGGGCCGCTTTTCGGGCTTCCGGGGGTTTGTGACAGCAGTGCCGCATGGGCGGGGGCGCCGCCGCGCCCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGa < 2:911482/140‑1 (MQ=255) ggTTCCGCGCCGGCCGCTTTTCGGGCTTCCAGGGGTTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCGGGGGCGCCCCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGa < 2:712905/140‑1 (MQ=255) gTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGAt > 1:490516/1‑140 (MQ=255) ttACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGATCCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGAtt < 2:189043/140‑1 (MQ=255) ttACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGAtt > 1:1124240/1‑140 (MQ=255) gcgcGGCCCGCTTTCCAGCCTTCGTGGGGGTTGTGACAGCAGTCCCGCATGAGCGGGGGCCCCCCCGCGCCCAATGAAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGATTAATg < 2:1066888/140‑1 (MQ=255) gcgcAGCCCCCCCTTCAGGCTTCCGGGCGGTTGTGACAGCGGGCCCGCATGAGCGGGTGCGCCGCCCCGACAAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGATTAATg < 2:151611/140‑1 (MQ=255) cgcAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGGAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGGTTTGGTTAATGc > 1:1038562/1‑140 (MQ=255) cgcAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGATTAATGc > 1:399028/1‑140 (MQ=255) cgcAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGTGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGATTAATGc > 1:916919/1‑140 (MQ=255) gggCCGCTTTCCGGGCTCCCGGGGGTTTGAGACAGCGGGCCCGCATGGGCGGGTGCCCCGCCGCCACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGATTAATGCATc < 2:399028/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgggACAGCAGTGCCGCAGGGGGGGGGGCCCCCCCGCAACGAAGGAAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGATTAATGCATCCTGTGCCTGATATTGCGCCCAGGAAGc < 2:1124240/137‑1 (MQ=255) gcagtGCCGCATGGGAGGGTGCGCCCCCGCGACCAATGGAACCGCCGGGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGATTAATGCATCCTGTGCCTGATATTGCGCCCAGGAAGCTGCCATc < 2:420782/140‑1 (MQ=255) | TTCCAGAATCGCCCCGGTATAAAGCGACAGGCTGCTGACGGTGATTTCTGGCAGACCATATTTAAAGCGGATCATCTCGCCCTGTTCGGTTACGCGCAGGCCGCCTTTCAGGCTTCCTGGCGGTTGTGACAGCAGCGCCGCATGAGCAGGTGCGCCGCCGCGACCAATGGAACCGCCGCGACCGTGGAACAACGTCAGCTCAATACCCGCTTTTTCGCAGGTTTTGATTAATGCATCCTGTGCCTGATATTGCGCCCAGGAAGCTGCCATC > NC_000913/4151179‑4151449 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |