Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,220,971 | G→A | pseudogene (1371/2648 nt) | ycgH → | putative transporter component, N‑terminal fragment |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,220,971 | 0 | G | A | 100.0% | 244.4 / NA | 68 | pseudogene (1371/2648 nt) | ycgH | putative transporter component, N‑terminal fragment |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/31); total (37/31) |
ATTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAATCTCC > NC_000913/1220835‑1221102 | aTTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCt < 2:920032/140‑1 (MQ=255) aTTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCt < 2:538104/140‑1 (MQ=255) aTTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCt < 2:966885/140‑1 (MQ=255) gACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGa < 2:878655/140‑1 (MQ=255) gACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGa < 2:488680/140‑1 (MQ=255) aCAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGAc < 1:543223/140‑1 (MQ=255) aCAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGAc < 1:605309/140‑1 (MQ=255) aCAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGAc > 1:310386/1‑140 (MQ=255) tattatCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGAc < 2:1073928/140‑1 (MQ=255) tatCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTa < 2:544861/140‑1 (MQ=255) aTCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTAttgtt < 2:161466/140‑1 (MQ=255) cTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACtt < 2:152217/132‑1 (MQ=255) cTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGa > 2:1145997/1‑140 (MQ=255) cTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGCAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACtt > 1:152217/1‑132 (MQ=255) tCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAggg > 2:522630/1‑140 (MQ=255) cGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGt < 1:1145997/140‑1 (MQ=255) cGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGt > 1:562575/1‑140 (MQ=255) cGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGt > 1:217241/1‑140 (MQ=255) gTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTa < 2:1075470/128‑1 (MQ=255) gTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTa > 1:1075470/1‑128 (MQ=255) atgatgatgGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTAttgtt < 1:23922/131‑1 (MQ=255) atgatgatgGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTAttgtt > 2:23922/1‑131 (MQ=255) atgGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCg > 2:407789/1‑140 (MQ=255) atgGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCg > 1:999105/1‑140 (MQ=255) ggTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCggg < 2:999105/140‑1 (MQ=255) gTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGt > 2:554246/1‑140 (MQ=255) tCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCggg < 2:1040630/138‑1 (MQ=255) tCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCggg > 1:1040630/1‑138 (MQ=255) tCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGtt > 1:987656/1‑140 (MQ=255) tCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGtt < 1:998539/140‑1 (MQ=255) aaCATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACtt < 2:445632/131‑1 (MQ=255) aaCATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACtt > 1:445632/1‑131 (MQ=255) aaCCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTg > 1:810039/1‑140 (MQ=255) gTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTggaga > 1:32649/1‑139 (MQ=255) tAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTggagga > 2:749243/1‑140 (MQ=255) aaTTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAgcggcgc > 2:821797/1‑140 (MQ=255) aaTTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAgcggcgc > 2:1115925/1‑140 (MQ=255) aTTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAgcggcgcg < 2:434402/140‑1 (MQ=255) tATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAgcggcgcggc < 2:217241/140‑1 (MQ=255) gTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCAc > 2:235601/1‑140 (MQ=255) tCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACg < 2:930750/140‑1 (MQ=255) cGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTAGAGGAAGCGGCGCGGCCACGc > 2:1064472/1‑140 (MQ=255) ggTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGCTTAGGGCAAGATTTTTTGTTGAGGGTAATACTTGGGGTTCAATTACCTTCT‑TTTGGAAAATGCCGGGGGGAAGGGGCGGGGCGAcctt > 2:584754/1‑137 (MQ=255) ggTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTGCGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCt > 2:1126351/1‑140 (MQ=255) ggTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCt > 2:452103/1‑140 (MQ=255) taatGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACg < 2:810039/140‑1 (MQ=255) ggTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTGCGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGAt < 1:1126351/140‑1 (MQ=255) gTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATc > 2:853874/1‑140 (MQ=255) tCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCg > 2:281536/1‑140 (MQ=255) tCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCg > 2:108346/1‑140 (MQ=255) cAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACg < 2:428946/126‑1 (MQ=255) cAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACg > 1:428946/1‑126 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gCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACtgtg > 1:442114/1‑140 (MQ=255) cACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGa < 1:281536/140‑1 (MQ=255) ccGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAAt < 2:310386/140‑1 (MQ=255) tATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGc > 2:221823/1‑140 (MQ=255) tAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGAt < 2:562575/140‑1 (MQ=255) ggTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGa < 1:1064472/140‑1 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1:24687/1‑140 (MQ=255) | ATTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATG‑CTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAATCTCC > NC_000913/1220835‑1221102 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |