Predicted mutation
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RA	NC_000913	1,432,348	T→C	A1100A (GCT→GCC)	stfR →	Rac prophage; putative membrane protein

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*	NC_000913	1,432,348	0	T	C	100.0%	163.0 / NA	46	A1100A (GCT→GCC)	stfR	Rac prophage; putative membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (20/26);  total (20/26)

ATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGC  >  NC_000913/1432213‑1432403                                                                                                                                        |                                                        atcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGccgctg                                                     <  1:637289/140‑1 (MQ=255)  tcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTgg                                                    >  1:1028046/1‑140 (MQ=255)  tcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTgg                                                    >  2:191688/1‑140 (MQ=255)  tcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTgg                                                    >  1:981514/1‑140 (MQ=255)  tcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTgg                                                    >  1:597468/1‑140 (MQ=255)  tcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTgg                                                    >  1:839623/1‑140 (MQ=255)      ctgGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAAc                                                <  2:581938/140‑1 (MQ=255)      ctgGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAAc                                                <  2:839623/140‑1 (MQ=255)      ctgGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAAc                                                <  1:869123/140‑1 (MQ=255)       tgGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTa                                                  <  2:460608/137‑1 (MQ=255)       tgGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTa                                                  >  1:460608/1‑137 (MQ=255)        ggCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAAcgc                                              <  2:516297/140‑1 (MQ=255)        ggCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAAcgc                                              >  2:1099681/1‑140 (MQ=255)           gcACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGa                                           <  2:1135709/140‑1 (MQ=255)            cacaTACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGaa                                          >  1:84196/1‑140 (MQ=255)                       tcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCaa                               >  1:21956/1‑140 (MQ=255)                         actGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCaaaa                             >  1:1166048/1‑140 (MQ=255)                         actGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCaaaa                             >  2:844405/1‑140 (MQ=255)                         actGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCaaaa                             >  2:592232/1‑140 (MQ=255)                           tGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAAc                           >  1:761760/1‑140 (MQ=255)                           tGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAAc                           >  1:693143/1‑140 (MQ=255)                           tGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAAc                           >  2:59517/1‑140 (MQ=255)                            gTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACa                          <  2:597468/140‑1 (MQ=255)                             tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACAt                         >  1:1074545/1‑140 (MQ=255)                             tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACAt                         >  1:674187/1‑140 (MQ=255)                             tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACAt                         <  2:171306/140‑1 (MQ=255)                               cGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCg                       >  1:949220/1‑140 (MQ=255)                                 gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa                     <  2:1084492/140‑1 (MQ=255)                                 gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa                     <  1:417825/140‑1 (MQ=255)                                 gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa                     <  1:592232/140‑1 (MQ=255) 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                                       tgcAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACt              <  2:1103689/140‑1 (MQ=255)                                        tgcAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACt              <  2:1028046/140‑1 (MQ=255)                                         gcAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACta             <  2:173944/140‑1 (MQ=255)                                         gcAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGATATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCCGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACta             <  1:857314/140‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑