| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 144,903 | T→C | S109S (AGT→AGC) | yadI → | putative PTS enzyme IIA component YadI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 144,903 | 0 | T | C | 97.1% | 236.1 / ‑2.5 | 70 | S109S (AGT→AGC) | yadI | putative PTS enzyme IIA component YadI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (29/39); total (30/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AACCGATATAGCCGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGTTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCT > NC_000913/144768‑145037 | aaCCGATATAGCCGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCag > 1:143179/1‑140 (MQ=255) atatAGCCGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATTATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGttt > 1:880280/1‑140 (MQ=255) atatAGCCGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGttt < 1:800154/140‑1 (MQ=255) atatAGCCGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGttt > 2:1146497/1‑140 (MQ=255) ccGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAg > 2:720848/1‑140 (MQ=255) ccGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAg > 2:1105285/1‑140 (MQ=255) ccGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCCCAGAGTTTCGCGAg > 1:1161242/1‑140 (MQ=255) ggAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCg < 1:1105285/140‑1 (MQ=255) ggAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCg < 1:1146497/140‑1 (MQ=255) ggAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCg < 2:780447/140‑1 (MQ=255) aGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGTTCAGAGTTTCGCGAGCGTa > 2:975621/1‑140 (MQ=255) aGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCg > 1:556880/1‑138 (MQ=255) aGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCg < 2:556880/138‑1 (MQ=255) aGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTa > 2:529280/1‑140 (MQ=255) aGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTa < 2:620368/140‑1 (MQ=255) aGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTa > 2:1167679/1‑140 (MQ=255) aGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTa > 2:555294/1‑140 (MQ=255) gcgcCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTAt > 2:700619/1‑140 (MQ=255) gcgcCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTAt > 2:736638/1‑140 (MQ=255) ccGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGa < 2:572054/140‑1 (MQ=255) tATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTcg < 2:424377/122‑1 (MQ=255) tATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTcg > 1:424377/1‑122 (MQ=255) 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(MQ=255) tCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGa < 1:349606/140‑1 (MQ=255) cATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAg < 1:529280/140‑1 (MQ=255) cATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAg < 1:778174/140‑1 (MQ=255) cATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAg < 1:27151/140‑1 (MQ=255) cATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAg < 1:997796/140‑1 (MQ=255) ttattaAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGt < 1:866667/140‑1 (MQ=255) ttaAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGTTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGag < 1:975621/140‑1 (MQ=255) aaGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTgcgc < 1:66808/128‑1 (MQ=255) aaGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTgcgc > 2:66808/1‑128 (MQ=255) aGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGagtag < 1:1167679/140‑1 (MQ=255) gCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGagtagt < 1:555294/140‑1 (MQ=255) ccACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTc > 1:155986/1‑140 (MQ=255) caAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCttt > 1:209145/1‑140 (MQ=255) caAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCttt > 1:95363/1‑140 (MQ=255) aaaCACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTg > 1:1010584/1‑140 (MQ=255) tCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACca > 1:376704/1‑140 (MQ=255) cGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATTATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACcaaca < 2:880280/140‑1 (MQ=255) tGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCtt < 1:720848/140‑1 (MQ=255) tgtCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCg > 1:29886/1‑140 (MQ=255) aCGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCttt < 1:936507/134‑1 (MQ=255) aCGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCttt > 2:936507/1‑134 (MQ=255) aCCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAAc > 2:779837/1‑140 (MQ=255) aCCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAAc > 1:274698/1‑140 (MQ=255) ccGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACa < 2:155986/140‑1 (MQ=255) gTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATa < 2:998329/140‑1 (MQ=255) tAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAAt < 2:209145/140‑1 (MQ=255) tAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCACGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAAt < 1:156939/140‑1 (MQ=255) tGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGt < 2:29886/140‑1 (MQ=255) aaCAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTAt < 1:1027478/140‑1 (MQ=255) aaCAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTAt < 2:376704/140‑1 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(MQ=255) aTGACCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGgc < 1:779837/140‑1 (MQ=255) aCCAGCTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCt < 2:274698/140‑1 (MQ=255) | AACCGATATAGCCGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGTTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGGCACCAACAACAAAAAAATCCGCCTTTCGTCCTCAAACATAATTTGTATGAGTATTAACCCGCGATTCTGATGGCGCT > NC_000913/144768‑145037 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |