| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 312,523 | (C)5→6 | coding (255/264 nt) | ykgM ← | putative ribosomal protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 312,518 | 1 | . | C | 99.0% | 357.8 / ‑3.5 | 100 | coding (260/264 nt) | ykgM | putative ribosomal protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (48/51); total (48/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACG‑CCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACATCAATTGTCACGTAT > NC_000913/312381‑312649 | tttttCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACG‑cc < 2:922192/140‑1 (MQ=255) cGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACG‑CCCCCcttttt < 2:197797/140‑2 (MQ=255) aCCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCg < 2:870519/140‑1 (MQ=255) ccTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTg < 1:249822/140‑1 (MQ=255) tGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCt < 1:487227/140‑1 (MQ=255) ccTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACaaaa > 1:969184/1‑140 (MQ=255) ccTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACaaaa > 1:785018/1‑140 (MQ=255) ccTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACaaaa > 1:450802/1‑140 (MQ=255) ccTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACaaaa > 2:680293/1‑140 (MQ=255) ccTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACaaaa > 1:413756/1‑140 (MQ=255) ccTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACaaaa > 1:1006385/1‑140 (MQ=255) ccTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACACAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACaaaa > 2:570431/1‑140 (MQ=255) ttAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACg > 2:1075033/1‑140 (MQ=255) tAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGa > 1:600374/1‑140 (MQ=255) tGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAAc > 2:11240/1‑140 (MQ=255) tGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAAc < 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< 2:535150/140‑1 (MQ=255) tCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCa < 1:207138/140‑1 (MQ=255) gCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCa > 1:477171/1‑131 (MQ=255) gCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCa < 2:477171/131‑1 (MQ=255) gCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCt < 2:464629/140‑1 (MQ=255) ccGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCtt < 1:842722/140‑1 (MQ=255) ccGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCtt > 1:978848/1‑140 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agagTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCg > 2:775291/1‑125 (MQ=255) agagTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCg < 1:775291/125‑1 (MQ=255) agagTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACAt < 1:104318/140‑1 (MQ=255) gTTAAGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACATCaa < 2:55492/140‑1 (MQ=255) aGAACTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACATCAATTGt > 2:886653/1‑140 (MQ=255) aaCTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACATCAATTGTCa < 2:625042/140‑1 (MQ=255) aaCTTTCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACATCAATTGTCa < 2:833826/140‑1 (MQ=255) tttCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAGCATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACATCAATTGTCACGt > 1:506356/1‑140 (MQ=255) tttCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACATCAATTGTCACGt < 1:255028/140‑1 (MQ=255) tttCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACATCAATTGTCACGt > 1:560166/1‑140 (MQ=255) tttCATCACGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACATCAATTGTCACGt > 1:787247/1‑140 (MQ=255) tcatcaCGCCCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACATCAATTGTCACGTAt > 1:583809/1‑140 (MQ=255) | TTTTTCTTACGACCCTGAACGGCCTTAAAACGTGGATTAGATTTACAAATCACATATAGCCGTCCTTTTCGCTTCACAATCTGACAGTCTGGATGGCGTTCTTTTGCGGTACGCAGAGAGTTAAGAACTTTCATCACG‑CCCCCTTTTTCGTGCTAACAAAACGACCAAAACGTTGGGTGAATCGTGCAACATTTCCTTCTGATGCCACTGTTCTCAGCTTCCCTGTATAGAACGGGTGCGATTTAGAAGAGACATCAATTGTCACGTAT > NC_000913/312381‑312649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |