| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+172) | iraM ← / ← ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 87.0% | 159.2 / 17.7 | 55 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/4); new base C (28/19); total (32/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
GGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑A‑‑CCCCCCCCTC‑AAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTA > NC_000913/1211944‑1212209 | ggCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTCCCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTTTTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑c‑‑ccc < 2:1079276/140‑1 (MQ=255) gATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑A‑‑ccccccccctcaa < 1:828346/140‑6 (MQ=255) tataCCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑AC‑CCCCCCCCTC‑aaaa > 2:976981/1‑140 (MQ=255) caTGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑AC‑CCCCCCCCTC‑AAAAaaataaa < 2:171322/140‑1 (MQ=255) 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1:233469/1‑140 (MQ=255) ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑AC‑CCCCCCCCTC‑AAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 1:150518/1‑140 (MQ=255) gATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑ACCCCCCCCCCTC‑AAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGa < 1:1069514/140‑1 (MQ=255) tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑AC‑CCCCCCCCTC‑AAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGTAATCTCAATTGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAg < 2:155665/140‑1 (MQ=255) tttATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑AC‑CCCCCCCCTC‑AAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCa > 2:342812/1‑140 (MQ=255) tATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑AC‑CCCCCCCCTC‑AAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATACAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAAt < 1:948800/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |