Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,206,379 | C→T | pseudogene (249/792 nt) | jayE → | e14 prophage; putative protein JayE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,206,379 | 0 | C | T | 96.4% | 179.1 / NA | 55 | pseudogene (249/792 nt) | jayE | e14 prophage; putative protein JayE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (27/26); minor base A (2/0); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGTGTCCTGCGCGTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGCGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGCATTACCCGCGCATGG > NC_000913/1206248‑1206511 | ggtgTCCTGCGCGTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGa < 1:151767/140‑1 (MQ=255) ccTGCGCGTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTg < 2:408358/140‑1 (MQ=255) cTGCGCGTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGa > 2:466458/1‑140 (MQ=255) cTGCGCGTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGa < 2:214019/140‑1 (MQ=255) tGCGCGTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGaa < 2:996370/140‑1 (MQ=255) cgcgTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGAtt > 2:1000581/1‑128 (MQ=255) cgcgTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGAtt < 1:592102/128‑1 (MQ=255) cgcgTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGAtt < 1:1000581/128‑1 (MQ=255) cgcgTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGAtt > 2:592102/1‑128 (MQ=255) cgcgTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAaga > 2:293527/1‑140 (MQ=255) cgcgTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAaga > 2:994234/1‑140 (MQ=255) cgTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGc > 2:195680/1‑140 (MQ=255) gCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTgg > 2:316766/1‑140 (MQ=255) gCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTgg > 2:17875/1‑140 (MQ=255) gCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGAGGATTTGATACTGAAGAGCTgg > 2:197916/1‑140 (MQ=255) gATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGaaa < 1:512023/140‑1 (MQ=255) gCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTg < 2:146591/140‑1 (MQ=255) aaGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGccc < 1:197916/140‑1 (MQ=255) ggTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCAt > 1:543030/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTg < 2:189848/140‑1 (MQ=255) tGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTg < 1:144316/140‑1 (MQ=255) cggtcggtAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAg < 1:17875/140‑1 (MQ=255) cggtcggtAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAg < 1:994234/140‑1 (MQ=255) cggtcggtAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAg < 1:293527/140‑1 (MQ=255) cggtcggtAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAg < 1:466458/140‑1 (MQ=255) ggtcggtAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGc > 2:705631/1‑140 (MQ=255) tGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAg < 2:730598/127‑1 (MQ=255) tGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAg > 1:730598/1‑127 (MQ=255) gacgGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGAcgcc > 2:1005795/1‑140 (MQ=255) ggTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGa > 2:994857/1‑133 (MQ=255) ggTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGa < 1:994857/133‑1 (MQ=255) aTCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGa > 1:471882/1‑140 (MQ=255) ggTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACgggg > 2:864612/1‑140 (MQ=255) tCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGAc > 1:53695/1‑140 (MQ=255) gCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACgggg > 2:935210/1‑134 (MQ=255) gCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACgggg < 1:935210/134‑1 (MQ=255) gCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATg > 2:691153/1‑140 (MQ=255) ggTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGAGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGATCGGACTTACTGGACGCCGCAGGGCGTGACTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGc > 2:73732/1‑140 (MQ=255) gTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCt > 2:133707/1‑140 (MQ=255) tGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTaaa > 2:776959/1‑140 (MQ=255) cGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAaagaa < 1:705631/140‑1 (MQ=255) ttCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGc < 1:316766/140‑1 (MQ=255) ttCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGc < 2:942124/140‑1 (MQ=255) gtgtGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGcc > 2:900678/1‑136 (MQ=255) gtgtGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGcc < 1:900678/136‑1 (MQ=255) gtgtGGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGc > 2:1020187/1‑140 (MQ=255) tgGCTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGCAtt > 1:1058640/1‑140 (MQ=255) cTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGCATTAcc < 2:617572/140‑1 (MQ=255) cTGACACCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGCATTAcc < 2:53695/140‑1 (MQ=255) acacCCTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGCATTACCcgc > 2:695443/1‑140 (MQ=255) cccTGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGCATTACCCGCGCa < 2:543030/140‑1 (MQ=255) tGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGCATTACCcg < 2:973606/133‑1 (MQ=255) tGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGCATTACCcg > 1:973606/1‑133 (MQ=255) tGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGCATTACCCGCGCATgg > 1:238107/1‑140 (MQ=255) tGACAGGTGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGCATTACCCGCGCATgg > 1:344438/1‑140 (MQ=255) | GGTGTCCTGCGCGTGCCGATCGCCTGCTCAAGTGCAGGTGCGGTCGGTAACGCTGACGACGGTACGGCATTAATCCTGGTCACGCCGGTGAATGGTCTGCCGTCTTCCGGTGTGGCTGACACCCTGACAGGCGGATTTGATACTGAAGAGCTGGAAACGTGGCGCGCCCGCGTCATTGAGCGGTATTACTGGACGCCGCAGGGCGGGGCTGACGGGGACTATGTCGTCTGGGCTAAAGAAGTGCCCGGCATTACCCGCGCATGG > NC_000913/1206248‑1206511 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |