| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 308,054 | (C)7→8 | coding (1279/2526 nt) | ecpC ← | putative fimbrial usher protein EcpC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 308,047 | 1 | . | C | 93.8% | 48.3 / ‑2.9 | 16 | coding (1286/2526 nt) | ecpC | putative fimbrial usher protein EcpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (6/9); total (6/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CG‑CCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCAA > NC_000913/307915‑308166 | tgattgCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑Cg < 1:18373/133‑1 (MQ=255) ttttttCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCa < 2:120206/133‑1 (MQ=255) tCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTc > 2:136146/1‑133 (MQ=255) aCTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCCCC‑CCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCg < 2:576478/133‑1 (MQ=255) tCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATc > 1:154425/1‑133 (MQ=255) cccGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCg < 2:81133/133‑1 (MQ=255) gcTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACGCACCGCCAGATGATAGTATCCTTATCCCGt > 1:174433/1‑133 (MQ=255) cTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGtt > 1:344854/1‑133 (MQ=255) tGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTg < 2:24437/133‑1 (MQ=255) aTGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTgcc > 1:561520/1‑133 (MQ=255) ctgcCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTgccgcc < 2:344854/133‑1 (MQ=255) aGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATg < 1:136146/133‑1 (MQ=255) tGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGc < 2:561520/133‑1 (MQ=255) cATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCAAAGCGTAGTCAATGAGCCGGAAGTCGAGGc > 1:179276/1‑133 (MQ=255) gCAGGTTAACGTTGAT‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTa < 2:154425/133‑1 (MQ=255) ttAACGTTGAC‑‑CGCCCCCCCCAAGCGGCCGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCaa < 2:174433/133‑1 (MQ=255) ttAACGTTGAA‑‑CGCCCCCCCCAAGTGGCTGCGTCAGACGGGCTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCaa < 2:179276/133‑1 (MQ=255) | TGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGAT‑‑CG‑CCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCAA > NC_000913/307915‑308166 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |