| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,101,728 | (G)7→8 | coding (39/984 nt) | kdgT → | 2‑dehydro‑3‑deoxy‑D‑gluconate:H(+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,101,721 | 1 | . | G | 95.8% | 75.8 / ‑3.1 | 24 | coding (32/984 nt) | kdgT | 2‑dehydro‑3‑deoxy‑D‑gluconate:H(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (11/12); total (12/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
TTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCC > NC_000913/4101589‑4101835 | tttATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATccc < 1:84160/133‑1 (MQ=255) tATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑gg < 1:519013/133‑1 (MQ=255) aTTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATCCAGGTAAAACGCTCGACTGAGAAAATCCC‑ggg > 2:256475/1‑133 (MQ=255) aTTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTCATGGAAATCCAGATAAAACGCTCGAGTGAGCAAATCCC‑ggg > 2:228549/1‑133 (MQ=255) 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cTTCGTTGCCATCAACACTTATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGG‑GATGATGCTCGTCCCGc > 2:359056/1‑133 (MQ=255) tttCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTc > 2:269096/1‑133 (MQ=255) tttCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTc > 1:346629/1‑133 (MQ=255) acacTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCa < 1:359056/133‑1 (MQ=255) acacTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCa < 1:100543/133‑1 (MQ=255) cacTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAc < 2:60747/133‑1 (MQ=255) 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aaaaCGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTAc < 2:346629/133‑1 (MQ=255) cTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGcc < 2:376849/133‑1 (MQ=255) | TTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCC > NC_000913/4101589‑4101835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |