| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,544,959 | T→C | C26C (TGT→TGC) | yhgH → | DNA utilization protein YhgH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,544,959 | 0 | T | C | 97.1% | 106.8 / NA | 34 | C26C (TGT→TGC) | yhgH | DNA utilization protein YhgH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (18/15); total (19/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTATTCATCCGCTATTGTTCTCTTTTGACTTACAAGGATGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTG > NC_000913/3544837‑3545083 | ttATTCATCCGCTATTGTTCTCTTTTGACTTACAAGGATGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCa > 1:10835/1‑133 (MQ=255) tCCGCTATTGTTCTCTTTTGACTTACAAGGATGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGcac > 1:322689/1‑133 (MQ=255) ccGCTATTGTTCTCTTTTGACTTACAAGGATGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATGTGTTCGGTCTGTTCGCGCGCCGCCCGcaca > 1:161933/1‑133 (MQ=255) ccGCTATTGTTCTCTTTTGACTTACAAGGATGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTAATTGGGGGGTTTGTTCCGTCTGCTCACGCGCCACCCGcaca > 2:244169/1‑133 (MQ=255) cGCTATTGTTCTCTTTTGACTTACAAGGATGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAg > 2:590196/1‑133 (MQ=255) tctcTTTTGAGTTACAAGGATGAACATAAGCTCACAGTACCAGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGTGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGt < 2:216842/133‑1 (MQ=255) tctTTTGACTTACAAGGATGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTa > 1:354582/1‑133 (MQ=255) ttGACTTACAAGGATGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGcc < 2:354582/133‑1 (MQ=255) ttGACTTACAAGGATGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGcc < 1:590196/133‑1 (MQ=255) cAAGGATGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAAtgt > 1:396443/1‑133 (MQ=255) ataaaCATATGCTAACAGTACGGGGTTTATGCTGGCTATGCCGAATGCCCCTGGCGTTAGGTCATTGGGGGTTTTGTTCGGTCTGCTCCCGCGCCCCCCGCAAAGAAAAAACGTTATCCCCAAAATGTGGAtt < 2:322689/130‑1 (MQ=255) tGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTa > 1:362091/1‑133 (MQ=255) tGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTa > 1:519359/1‑133 (MQ=255) atatGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGc < 1:540341/133‑1 (MQ=255) tGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCcac > 2:578780/1‑133 (MQ=255) gCTAACAGTCGCGGGATTATGCTGACTAGGCCGAATGCCACGGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCcaca < 2:237222/133‑1 (MQ=255) gCTAACAGTATCGGGTTTATGCTGTCTATGCCCAATGCCACAGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCCCCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCcaca < 2:180222/133‑1 (MQ=255) gCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATGGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCcaca < 2:399844/133‑1 (MQ=255) tAACAGTCACGGGATTATTCTGGCTATGCCTAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCcacaca < 1:209232/133‑1 (MQ=255) tAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCCCCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCcacaca < 1:37463/133‑1 (MQ=255) gTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTccc < 1:578780/133‑1 (MQ=255) tACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCa > 2:135839/1‑133 (MQ=255) ccGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGGTTACCCGCCACACACTCCCATc > 1:237222/1‑133 (MQ=255) cGGGATTATGCCGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCt > 1:434166/1‑133 (MQ=255) gggATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCtt > 1:413631/1‑133 (MQ=255) ggATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTc > 2:383553/1‑133 (MQ=255) aTGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGc > 1:544807/1‑133 (MQ=255) gCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGc > 1:365580/1‑133 (MQ=255) gCTACGCCGAATGCCCCTTGCGTTAGGTCTATGGGGGATTTGTTGGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCAAAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGc < 1:244169/133‑1 (MQ=255) gCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGctgcct > 1:328632/1‑133 (MQ=255) aCTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAAccg < 2:396443/133‑1 (MQ=255) cTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAAccgc < 2:365580/133‑1 (MQ=255) cTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAAccgc < 1:582979/133‑1 (MQ=255) cGTTAGGTAATTGGGGTATTTTTTGGGTCTGCTCACGCCCCCCCCGACCAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCgccgcc < 2:10835/133‑1 (MQ=255) ggTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGc < 2:362091/133‑1 (MQ=255) ggTCATTGGGCGATTTGTTCGGTCGGCTCCCGCGCCCCCCGTACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTCCCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGc < 2:161933/133‑1 (MQ=255) ttGGGGGATTTGTTCGGTCTGCTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGa > 2:541891/1‑133 (MQ=255) tCGGTCTGCTCACGCGCCCCCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTg < 1:541891/133‑1 (MQ=255) | TTATTCATCCGCTATTGTTCTCTTTTGACTTACAAGGATGAACATATGCTAACAGTACCGGGATTATGCTGGCTATGCCGAATGCCACTGGCGTTAGGTCATTGGGGGATTTGTTCGGTCTGTTCACGCGCCACCCGCACAGATAAAACGTTATGCCCACAATGTGGATTACCCGCCACACACTCCCATCTTCCCTGCGGTCGCTGCCTGCAAAAACCGCCGCCCTGGCAAAGACTGGTCACGGTTG > NC_000913/3544837‑3545083 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |