| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,540,613 | A→G | intergenic (‑1112/‑344) | nanC ← / → fimB | N‑acetylneuraminic acid outer membrane channel/regulator for fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,540,613 | 0 | A | G | 98.9% | 314.9 / NA | 89 | intergenic (‑1112/‑344) | nanC/fimB | N‑acetylneuraminic acid outer membrane channel/regulator for fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (38/50); minor base T (1/0); total (39/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGGACCTAAGAATTAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGAATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATA > NC_000913/4540494‑4540742 | aGGGACCTAAGAATTAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAAAGTCATATGTGAGTCGGTCAGTTGAACGGATCATAAATTTTg > 2:285704/1‑133 (MQ=255) aaGAATTAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAAttt > 1:111484/1‑133 (MQ=255) aGAATTAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAAtttt > 1:386989/1‑133 (MQ=255) aGAATTAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAAtttt > 1:563997/1‑133 (MQ=255) aGAATTAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAATTGAACGTATAGTAAATTTTGATGAAtttt > 1:179568/1‑133 (MQ=255) ttAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGGCGGCTAGTGGAAGGGAAATTAAATTATGCTAAATTTTTTAt > 2:167727/1‑133 (MQ=255) ttAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTAt > 2:596582/1‑133 (MQ=255) ttAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTAt > 2:259931/1‑133 (MQ=255) ttAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTAt > 2:421709/1‑133 (MQ=255) ttAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTAt < 2:310406/133‑1 (MQ=255) ttAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGAAATTAAATTTTGCTCAATTTTTTAt > 2:212236/1‑133 (MQ=255) gCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGGTGAATTTTTTATGtt > 1:273412/1‑133 (MQ=255) gATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGAtt < 1:596582/133‑1 (MQ=255) ataataGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGAttt > 1:339406/1‑133 (MQ=255) ataataGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTAGCTGAATTTTTTATGTTGAttt > 1:279469/1‑133 (MQ=255) taataGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGGCTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGAtttt < 2:403916/133‑1 (MQ=255) 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cTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGATGAATTTATTAGGTCGATTTTGCTTGTTAc > 1:184528/1‑133 (MQ=255) tAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACa > 2:102848/1‑133 (MQ=255) tAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACa < 2:563997/133‑1 (MQ=255) tAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACa < 1:560711/133‑1 (MQ=255) tAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACa < 2:386989/133‑1 (MQ=255) tAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACa > 2:37824/1‑133 (MQ=255) aaGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAg < 1:578161/133‑1 (MQ=255) aGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGa > 1:2788/1‑133 (MQ=255) gAAATTACTGGGCTCGATGAAATAGCCAATTTTTGGCAAATAGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGttctgtaa < 2:179568/133‑7 (MQ=255) ttACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACata < 2:339406/133‑1 (MQ=255) aCTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAGATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATc < 1:102848/133‑1 (MQ=255) aCTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATc < 1:501169/133‑1 (MQ=255) aCTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATc < 2:490984/133‑1 (MQ=255) aCTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATc < 2:563709/133‑1 (MQ=255) tGCGCTCCATTAAATCGCCATTTTCTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATcac < 2:170426/133‑1 (MQ=255) tGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATcac < 1:421709/133‑1 (MQ=255) tGCGCTCCATAAAATTGCCATTTTATTGAAAAAGGAGTTGAATAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATcac < 2:265835/133‑1 (MQ=255) gggcTCCATTCAATATCCATTTTTAGGCTAATGGAGTTGACAAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATcaca < 2:289310/131‑1 (MQ=255) 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agaCGGCTAGTTGAACGGATATAAAATTTTCCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATcc < 1:167727/133‑1 (MQ=255) aCGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGa < 1:24710/133‑1 (MQ=255) aCGGCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGa < 1:522120/133‑1 (MQ=255) gCTAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTg > 2:606380/1‑133 (MQ=255) tAGTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGAt < 2:104163/133‑1 (MQ=255) gTTGAACGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATaa < 1:56270/133‑1 (MQ=255) aCGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAatata < 1:575627/133‑1 (MQ=255) aCGGATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAatata < 1:606380/133‑1 (MQ=255) | AGGGACCTAAGAATTAGCATGATAATAGCCACTAAGAAATTACTGCGCTCCATGAAATAGCCATTTTGTGGCAAATGGAGTTGACTAATAATGTCATATGTGAGACGGCTAGTTGAACGAATATTAAATTTTGCTGAATTTTTTATGTTGATTTTACTTGTTACAGAACATATCACATGATATATAGATAAGATTAGTTGCATTAATGATGAGGGTTATTATTAGATTCGTATCCGATTGATAAATATA > NC_000913/4540494‑4540742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |