Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,700,461 | (T)5→4 | intergenic (‑264/‑59) | shoB ← / → ohsC | toxic peptide ShoB/small regulatory RNA OhsC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,700,457 | 0 | T | . | 97.5% | 157.2 / ‑1.5 | 40 | intergenic (‑260/‑63) | shoB/ohsC | toxic peptide ShoB/small regulatory RNA OhsC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base . (12/27); total (13/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 |
AATGGGGGAATTCTGTGGCATGGTGTAAAGCACAGCAAAATCTTCAATAACGAAGCCAATTTTAATGTACTTACGAATTGGCGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGTTCCTTACCAGTTC > NC_000913/2700326‑2700582 | aaTGGGGGAATTCTGTGGCATGGTGTAAAGCACAGCAAAATCTTCAATAACGAAGCCAATTTTAATGTACTTACGAATTGGCGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGtt > 2:35118/1‑133 (MQ=255) tGGGGGAATTCTGTGGCATGGTGTAAAGCACAGCAAAATCTTCAATAACGAAGCCAATTTTAATGTACTTACGAATTGGCGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGtttt < 2:13034/133‑1 (MQ=255) ggAATTCTGTGGCATGGTGTAAAGCACAGCAAAATCTTCAATAACGAAGCCAATTTTAATGTACTTACGAATTGGCGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATTTTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCAAGttttatgc > 2:173719/1‑129 (MQ=255) ttCTGTGGCATGGTGTAAAGCACAGCAAAATCTTCAATAACGAAGCCAATTTTAATGTACTTACGAATTGGCGGTCACGTTAATCTTTCCATAAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAG‑TTTTATGCTaaa > 1:513913/1‑133 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |