Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+172) | iraM ← / ← ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 90.2% | 121.8 / 6.8 | 42 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base C (25/12); total (29/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
AAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑‑A‑‑‑CCCC‑CCCCTC‑‑AAAAAAATAAA‑TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACT > NC_000913/1211949‑1212201 | aaaaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑‑A‑‑‑c > 2:254579/1‑133 (MQ=255) aaaaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑‑A‑‑‑c > 1:80892/1‑133 (MQ=255) caTGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑‑AC‑‑CCCC‑CCCCTC‑‑aaaa > 1:25920/1‑133 (MQ=255) aTGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑‑AC‑‑CCCC‑CCCCTC‑‑aaaaa > 1:473726/1‑133 (MQ=255) 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1:321411/1‑133 (MQ=255) ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑‑AC‑‑CCCC‑CCCCTC‑‑AAAAAAATAAA‑TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACa > 1:115499/1‑133 (MQ=255) ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑‑AC‑‑CCCC‑CCCCTC‑‑AAAAAAATAAA‑TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACa > 2:93759/1‑133 (MQ=255) ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑‑AC‑‑CCCC‑CCCCTC‑‑AAAAAAATAAA‑TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACa > 2:21188/1‑133 (MQ=255) ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑‑AC‑‑CCCC‑CCCCTC‑‑AAAAAAATAAA‑TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACa > 2:106250/1‑133 (MQ=255) ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑‑AC‑‑CCCC‑CCCCTC‑‑AAAAAAATAAA‑TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACa > 1:478615/1‑133 (MQ=255) 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2:80892/133‑1 (MQ=255) | AAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑‑‑A‑‑‑CCCC‑CCCCTC‑‑AAAAAAATAAA‑TTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACT > NC_000913/1211949‑1212201 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |