Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,405,417 | (C)6→7 | intergenic (‑345/+286) | nuoA ← / ← lrhA | NADH:quinone oxidoreductase subunit A/DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,405,411 | 1 | . | C | 89.2% | 108.5 / 7.3 | 37 | intergenic (‑339/+292) | nuoA/lrhA | NADH:quinone oxidoreductase subunit A/DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base C (14/19); total (17/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 |
CATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTCGATTCCT‑CCCCCCAAAAGAGAGTATTTTCTTGATCTGTGACACGCTTTTGTCATTCCATAACAAAAACGCAGCAACAAATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGAT > NC_000913/2405280‑2405532 | cATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTCGATtcct‑c < 2:33576/133‑1 (MQ=255) aTTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTCGATtcct‑cc > 1:387304/1‑133 (MQ=255) ttAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTCGATTCCT‑ccc > 2:24930/1‑133 (MQ=255) ttAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTCGATTCCT‑ccc > 1:48199/1‑133 (MQ=255) 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tttGTGTCGATTCCTCCCCCCCAAAAGAGAGTATTTTCTTGATCTGTGACACGCTTTTGTCATTCCATAACAAAAACGCAGCAACAAATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAgg < 2:506500/133‑1 (MQ=255) tgtCGATTCCTCCCCCCCAAAAGAGAGTATTTTCTTGATCTGTGACACGCTTTTGTCATTCCATAACAAAAACGCAGCAACAAATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGat < 2:387304/133‑1 (MQ=255) | CATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTCGATTCCT‑CCCCCCAAAAGAGAGTATTTTCTTGATCTGTGACACGCTTTTGTCATTCCATAACAAAAACGCAGCAACAAATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGAT > NC_000913/2405280‑2405532 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |