| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,602,017 | (C)7→8 | coding (200/2019 nt) | hyfB → | hydrogenase 4 component B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,602,010 | 1 | . | C | 91.2% | 104.3 / 3.6 | 34 | coding (193/2019 nt) | hyfB | hydrogenase 4 component B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/0); new base C (13/18); total (16/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.36e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑C‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGC > NC_000913/2601883‑2602129 | gTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑c‑cc‑cc < 2:363349/133‑1 (MQ=255) ggACAGACTGGCTATTAATCTTTCCGGCATGACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGc < 1:160127/133‑1 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATTATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTATAGTCGCCGGTTTTG‑CTCC‑CCCCTTGTGAATTTGCCGAttt > 2:183912/1‑133 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGAttt > 1:106194/1‑133 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGAttt > 1:469171/1‑133 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGAttt > 1:373853/1‑133 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGGTTTG‑C‑CCACCCGTTGTGAATTAGCCGAttt > 1:238961/1‑133 (MQ=255) cTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTa > 2:440798/1‑133 (MQ=255) cGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATGGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAg < 1:203104/133‑1 (MQ=255) cATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCct < 1:312865/133‑1 (MQ=255) caTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCgg > 1:329306/1‑133 (MQ=255) aTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGc < 1:14774/133‑1 (MQ=255) gtggGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATg < 1:440798/133‑1 (MQ=255) ggcggcGTGATTGGCTTCCTCACCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTg < 1:158975/133‑1 (MQ=255) cgTGATTGGCATCATCAGCGAAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑C‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGtt > 1:93174/1‑133 (MQ=255) gCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCt < 1:62332/133‑1 (MQ=255) tcatcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGc < 2:418271/133‑1 (MQ=255) tcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtgg > 2:483558/1‑133 (MQ=255) tcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGACATTTATAGTGATGGTTATCTACTTGCtgg > 1:160648/1‑133 (MQ=255) accGGAATTTCGCAACTACATGCTTGTGTAACTTTAGTCGCGCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtg < 2:238961/131‑1 (MQ=255) aGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtg < 2:64539/133‑1 (MQ=255) aGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtg < 1:106778/133‑1 (MQ=255) aaTTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTggtggtggt < 2:106194/133‑1 (MQ=255) tACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTg < 2:270798/133‑1 (MQ=255) aCGCAATTTCATGCTGGTCTAACTTTAGTCCCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt < 1:183912/133‑1 (MQ=255) cGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGtt > 2:32815/1‑133 (MQ=255) tcAATTACATGCTGGTATATCTTTAGTCGCCCGTTTTG‑C‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtct < 2:93174/132‑1 (MQ=255) gCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtc < 1:32815/133‑1 (MQ=255) gCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTGGCCGATTTAACCCTGCGTATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGCGGTGGTTTGTtc < 2:373853/133‑1 (MQ=255) gCAATTACATGCTGGCGTAACTTTAGTCTCCCCTTTTG‑C‑CCTCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtc < 2:160648/133‑1 (MQ=255) cAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtct < 2:397306/133‑1 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctctc > 2:481230/1‑133 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTAGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctctc < 1:117532/133‑1 (MQ=255) cTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAt < 1:481230/133‑1 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGa > 2:17912/1‑133 (MQ=255) ttAGTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGTGTTTGCCGATTTAACGCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGGTATCTCGTTGCTGGTGGTGGATTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATg > 2:4115/1‑133 (MQ=255) gTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATgcgc > 1:428387/1‑133 (MQ=255) gTCGCCCGTTTTGCC‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATgcgc > 2:89325/1‑133 (MQ=255) | GTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑C‑CC‑CCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGC > NC_000913/2601883‑2602129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |