Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,632,997 | (T)5→6 | pseudogene (1462/1607 nt) | yhiL ← | putative uncharacterized protein YhiL |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,632,992 | 1 | . | T | 89.8% | 148.0 / 9.3 | 49 | pseudogene (1467/1607 nt) | yhiL | putative uncharacterized protein YhiL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base T (22/22); total (25/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTGAAAACAACTAAGCCCTGAGGAATAAATTATTTTATTATTTTTATCACGTGCTTCCTTCAGGGAATTTAGCCCCATAATACCATTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATA‑TT‑T‑TT‑GTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGTCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTC > NC_000913/3632860‑3633119 | gTTGAAAACAACTAAGCCCTGAGGAATAAATTATTTTATTATTTTTATCACGTGCTTCCTTCAGGGAATTTAGCCCCATAATACCATTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCata > 2:81349/1‑133 (MQ=255) caacTAAGCCCTGAGGAATAAATTATTTTATTATTTTTATCACGTGCTTCCTTCAGGGAATTTAGCCCCATAATACCATTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATA‑tt‑t‑tttgt < 2:353144/133‑4 (MQ=255) acTAAGCCCTGAGGAATAAATTATTTTATTATTTTTATCACGTGCTTCCTTCAGGGAATTTAGCCCCATAATACCATTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATA‑tt‑t‑tttgtct < 1:101140/133‑6 (MQ=255) gCCCTGAGGAATAAATTATTTTATTATTTTTATCACGTGCTTCCTTCAGGGAATTTAGCCCCATAATACCATTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGAAGCCCATATTT‑T‑TT‑GTCTAATGt > 1:233129/1‑133 (MQ=255) 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tATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATATTT‑T‑TT‑GTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGTCTGAAATCag > 2:403998/1‑133 (MQ=255) tATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATATTT‑T‑TT‑GTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATAGGAAAAAATGTTCACGTCCTGGCTTGAAATCag > 2:232629/1‑133 (MQ=255) tATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATATTT‑T‑TT‑GTCTAATGTATTTGCTGGGGGCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGTCTGAAATCag > 2:7647/1‑133 (MQ=255) aTCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATATTT‑T‑TT‑GTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCGCCACATATCAAGATACGTTCACGTGATGGTCTGAAATCagt > 2:191867/1‑133 (MQ=255) aTCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATATTT‑T‑TT‑GTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGTCTGaa < 2:401671/127‑1 (MQ=255) aTCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATATTT‑T‑TT‑GTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGTCTGaa > 1:401671/1‑127 (MQ=255) 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GTTGAAAACAACTAAGCCCTGAGGAATAAATTATTTTATTATTTTTATCACGTGCTTCCTTCAGGGAATTTAGCCCCATAATACCATTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCATGATGCCCATA‑TT‑T‑TT‑GTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGTCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTC > NC_000913/3632860‑3633119 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |