Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 546,454 | (A)7→8 | intergenic (‑91/‑226) | allD ← / → fdrA | ureidoglycolate dehydrogenase/putative acyl‑CoA synthetase FdrA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 546,447 | 1 | . | A | 89.3% | 81.7 / 3.5 | 28 | intergenic (‑84/‑233) | allD/fdrA | ureidoglycolate dehydrogenase/putative acyl‑CoA synthetase FdrA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base A (16/9); total (17/11) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
AGAGTTTATTCTCAATTAGCTGGTGGAGTGTTTCCCGACTGATTTTCATCTGTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGC‑AAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCT > NC_000913/546315‑546576 | agagTTTATTCTCAATTAGCTGGTGGAGTGTTTCCCGACTGATTTTCATCTGTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGc < 2:292452/133‑1 (MQ=255) gTTTATTCTCAATTAGCTGGTGGAGTGTTTCCCGACTGATTTTCATCTGTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGC‑aaa > 1:486315/1‑133 (MQ=255) aTTCTCAATTAGCTGGTGGAGTGTTTCCCGACTGGTTTTCATCTGTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATTTGGATTATGTGATCCAGACAGGC‑aaa‑aaaa > 2:101796/1‑133 (MQ=255) gCTGGTGGAGTGTTTCCCGACTGATTTTCATCTGTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGa < 1:124395/133‑1 (MQ=255) tCCCGACTGATTTTCATCTGTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGCAAAA‑AAAA‑TGTAGATATAATTTAATTGATAAt > 1:237759/1‑133 (MQ=255) gACTGATTTTCATCTGTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGc > 1:364432/1‑133 (MQ=255) aCTGATTTTCATCTGTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCt < 2:280040/133‑1 (MQ=255) aCTGATTTTCATCTGTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATCTATTTGATAATCCGCt < 1:82654/133‑1 (MQ=255) aTTTTCATCTGTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGCAAAA‑AAAA‑AATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACt > 2:170370/1‑133 (MQ=255) tGTCTTCCTTTTTAAGGAGGGTTTGAAGCACGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTg < 1:211258/133‑1 (MQ=255) tGTCTTCCTCATTAATGACGGTGTAAAGCATGTCTGCAATTTACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTg < 2:237759/133‑1 (MQ=255) gTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGACAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGa > 1:367194/1‑133 (MQ=255) tttAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGATTATCCGCTCACTTTTGACCTGAATTTTaaaa > 1:174863/1‑133 (MQ=255) acgGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTAGATAATCCACTCACTTTTAACCTGAATTTTAAaacaacaac > 2:171469/1‑133 (MQ=255) tAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTaa < 2:364432/133‑1 (MQ=255) tACAGGGATAATATCTGGTTTAGGTGATCCTGACAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGcc < 1:171469/133‑1 (MQ=255) 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aCAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAAtt > 1:290529/1‑133 (MQ=255) cAGGCAAAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGCTAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAATAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTATTTGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTc < 2:176487/133‑1 (MQ=255) cAGGC‑AAATAAAA‑TAGAGTTAGAATTTATTCGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTc < 1:171302/133‑1 (MQ=255) ggC‑AAA‑AAAAGTATAGTTAGAATTTATTTGATTATCCGCTCGCTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCt < 2:174863/133‑1 (MQ=255) | AGAGTTTATTCTCAATTAGCTGGTGGAGTGTTTCCCGACTGATTTTCATCTGTCTTCCTTTTTAACGACGGTGTGAAGCATGACTGCAATTAACATACAGGGAAAATATCTGGATTATGTGATCCAGACAGGC‑AAA‑AAAA‑TATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCT > NC_000913/546315‑546576 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |