Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,303,712 | T→C | Y272H (TAT→CAT) | oppB → | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter inner membrane subunit OppB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,303,712 | 0 | T | C | 96.7% | 92.7 / NA | 30 | Y272H (TAT→CAT) | oppB | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter inner membrane subunit OppB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (13/16); total (13/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
TACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGAT > NC_000913/1303587‑1303835 | tACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCtt < 1:81857/133‑1 (MQ=255) tGCTCTCTTATATGGGCCCCGCCTTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGtt < 1:185382/133‑1 (MQ=255) tataTGGGCCACGCATTTGTCGGCATTACTACCGGTTCTATCGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGa < 2:160622/133‑1 (MQ=255) gCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCTGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCt > 2:444430/1‑133 (MQ=255) gCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGGCCATTCCGTAGGGTGAAGCCTGACCATCCt > 1:160622/1‑133 (MQ=255) gCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCt > 2:168908/1‑133 (MQ=255) gCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCt > 1:26395/1‑133 (MQ=255) gCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCt > 2:265789/1‑133 (MQ=255) gCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGCGTTAAGCCTTACCATCCt > 1:187808/1‑133 (MQ=255) cccGCATTTGTCGGCATTATTGCCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCtgg > 2:90233/1‑133 (MQ=255) cGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCtggtt < 1:422772/133‑1 (MQ=255) cGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCAGTCCTTAGGGTTAAGGCTGACCGTCCtggtt > 1:198458/1‑133 (MQ=255) ttGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGTAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGc < 1:495795/133‑1 (MQ=255) tGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCt > 1:379232/1‑133 (MQ=255) ttCTATGGTTATCGATACTATTAATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAAt < 1:223368/133‑1 (MQ=255) tATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTc < 2:26395/133‑1 (MQ=255) aTCGAAACGATTTATAGTATGCCGGGGATTTGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCg < 1:244887/133‑1 (MQ=255) aTCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCg < 2:351871/133‑1 (MQ=255) aTCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCAACCTGGTTGTTGCCTTAAACATTTTGATTAATCCCATTGtag > 2:253485/1‑131 (MQ=255) tCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGa < 2:109081/133‑1 (MQ=255) aaaCCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGAtgt < 1:87195/133‑1 (MQ=255) aaCCATTTATAGTTTACCGGGGATTGGAAAACCGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGAtgtg < 2:171604/133‑1 (MQ=255) ggggATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGAc < 2:379232/133‑1 (MQ=255) tGGACAACTGATCGTGAATGGCGCTTTGAACCTTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGaaa < 2:198458/133‑1 (MQ=255) cAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATTTGCTATATGCGGGTATCGACCTGAAAATcc < 2:55615/133‑1 (MQ=255) cTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGtt > 2:269086/1‑133 (MQ=255) cGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATAGGCGGTTAACGAACCGAAAATCAGTTACTGa > 1:133287/1‑133 (MQ=255) gcgcATTGAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTAACGACCCGTAAATCCTTTACTGGTACTGGAg > 1:158138/1‑133 (MQ=255) gcATTGAACCGTGACTATTCCTTACTGTCAAGTCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCt < 2:187808/133‑1 (MQ=255) gAACCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCga < 1:467194/133‑1 (MQ=255) aaCCGTGACCATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCgat < 1:269086/133‑1 (MQ=255) | TACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGAT > NC_000913/1303587‑1303835 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |