Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,585,419 | T→C | H36R (CAC→CGC) | aegA ← | putative oxidoreductase Fe‑S subunit AegA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,585,419 | 0 | T | C | 97.6% | 143.3 / NA | 42 | H36R (CAC→CGC) | aegA | putative oxidoreductase Fe‑S subunit AegA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (25/16); minor base G (1/0); total (26/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCAACGTGGCTGATTGCGCCATTAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTG > NC_000913/2585296‑2585542 | tcaACGTGGCTGATTGCGCCATTAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCa > 1:104096/1‑133 (MQ=255) tcaACGTGGCTGATTGCGCCATTAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGAAGAAAATGGCGTTGGCTCa > 1:213060/1‑133 (MQ=255) gTGGCTGATTGCGCCATTAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACa > 2:420654/1‑133 (MQ=255) cTGATTGCGCCATTAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAACTGGGGTAGGCTCAGGACATGtt > 1:153136/1‑133 (MQ=255) gcgcCATTAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCtcat > 1:384989/1‑133 (MQ=255) tAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATtgtg < 2:56562/133‑1 (MQ=255) tAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATtgtg < 2:315655/133‑1 (MQ=255) tAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATtgtg < 2:384989/133‑1 (MQ=255) cAGCTACGGGCGCAGCGCGCATCTACACTATGCTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCa < 2:153136/133‑1 (MQ=255) gCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATg > 1:52887/1‑133 (MQ=255) tACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGac > 2:309930/1‑133 (MQ=255) cagggcgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGa < 1:420654/133‑1 (MQ=255) cgcaTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTca < 1:497791/133‑1 (MQ=255) caTCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTcaca > 1:361724/1‑133 (MQ=255) acaATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCACATCATTGGGAGTCATTACACAGGCGATTTCACAAGCAtca > 2:253821/1‑131 (MQ=255) caATGGTGGCAGGTCTCTCCACGACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGAc < 1:253821/133‑1 (MQ=255) tGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAAc < 1:410127/133‑1 (MQ=255) tGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAAc < 2:463264/133‑1 (MQ=255) gTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAAccc > 2:288086/1‑133 (MQ=255) tGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGa < 2:101234/126‑1 (MQ=255) tGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGa > 1:101234/1‑126 (MQ=255) tGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCa > 2:458045/1‑133 (MQ=255) tGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATAGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCAAAAGCGTGACAACCCa > 2:210439/1‑133 (MQ=255) aCAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGGGAGCCATGCCACCGGCAATTTCACACGCATCACAACCCAGa > 2:166456/1‑133 (MQ=255) aGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACa < 1:309930/133‑1 (MQ=255) aCTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGCTTTCACAAGCAGGAGAACCCAGACATTGCt > 1:158274/1‑133 (MQ=255) aCTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAATCATGACAACCCAGACATTGCt > 2:422655/1‑133 (MQ=255) aCTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCt > 2:302679/1‑133 (MQ=255) aCTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCt < 2:104096/133‑1 (MQ=255) aCTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCt > 1:342077/1‑133 (MQ=255) aCTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCt > 1:170525/1‑133 (MQ=255) gCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGAc > 2:319172/1‑133 (MQ=255) tACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGtt < 1:458045/133‑1 (MQ=255) cGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTgg > 1:96604/1‑133 (MQ=255) gTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGc < 2:361724/133‑1 (MQ=255) gTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGc < 1:353163/133‑1 (MQ=255) tGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCa < 1:319172/133‑1 (MQ=255) cTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCata > 2:109647/1‑133 (MQ=255) aaTTCGGGGATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTGGGCCATAATAAATCGATACATAACGAcc > 2:172731/1‑133 (MQ=255) ggATGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCtttt > 1:448038/1‑133 (MQ=255) tGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAATCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTg > 2:5808/1‑133 (MQ=255) tGAAAATGGCGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTg > 2:117599/1‑133 (MQ=255) | TCAACGTGGCTGATTGCGCCATTAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTG > NC_000913/2585296‑2585542 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |