Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,943,252 | T→C | intergenic (‑107/‑85) | ygdI ← / → csdA | DUF903 domain‑containing lipoprotein YgdI/cysteine sulfinate desulfinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,943,252 | 0 | T | C | 94.3% | 102.9 / ‑1.9 | 35 | intergenic (‑107/‑85) | ygdI/csdA | DUF903 domain‑containing lipoprotein YgdI/cysteine sulfinate desulfinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (19/14); total (20/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 |
AATAATTGCGGCAGTCTTTTTCATCATCTTCTCCTTAAAGCGATTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGATATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGAACGTTTTTAATCCCGCGCAGTTTCGCGCCCAGTTTCCCG > NC_000913/2943122‑2943379 | aataatTGCGGCAGTCTTTTTCATCATCTTCTCCTTAAAGCGATTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGacat < 1:462095/133‑1 (MQ=255) tGCGGCAGTCTTTTTCATCATCTTCTCCTTAAAGCGATTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGAt < 1:491970/133‑1 (MQ=255) tGCGGCAGTATTTTTCATCATCTTCTCCTTAAAGCGATTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGAt < 1:423361/133‑1 (MQ=255) gCAGTCTTTTTCATCATCTTCTCCTTAAAGCGATTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGATATCCAGATAAtt > 1:457298/1‑133 (MQ=255) gTCTTTTTAATCATCTTCGCCTTAAAGCGAGTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTg < 1:226614/133‑1 (MQ=255) ttCATCATCTTCTCCTTAAAGCGATTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGtt < 1:342392/133‑1 (MQ=255) atcTTCTCCTTAAAGCGATTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCAct < 2:43075/133‑1 (MQ=255) atcTTCTCCTTAAAGCGATTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCAct < 2:288244/133‑1 (MQ=255) aaaGCGATTAATAAACCTTAATAGCATTGATTTACAGGCTATAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATc < 2:158252/133‑1 (MQ=255) aGCGATTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACGCTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCaa > 2:493630/1‑133 (MQ=255) aGCGATTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGGCATCCAGATAATGCTGTTGGTTAGCTCTCTACTTGTATCaa > 2:144782/1‑133 (MQ=255) ttAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGa > 1:395095/1‑133 (MQ=255) ttAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACGCTCCTTGTAACAAAGTGa > 1:173708/1‑133 (MQ=255) aaTAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCACCTTGTATCAAAGTGAAGCTTGCGTCAc > 2:234034/1‑133 (MQ=255) aTTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATctg > 1:90470/1‑131 (MQ=255) aTTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCgg > 1:98120/1‑133 (MQ=255) ttGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACGCTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGt < 1:493630/133‑1 (MQ=255) ttGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGATATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGTGTCACGATCGGt < 2:457298/133‑1 (MQ=255) ttGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGt > 1:97000/1‑133 (MQ=255) aTTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTAACAAAGTGAATTTTGAGTCACGTTCGGTGCa > 1:205531/1‑133 (MQ=255) tAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATc < 2:395095/133‑1 (MQ=255) tAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATc > 2:56391/1‑133 (MQ=255) cAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAg < 1:277816/133‑1 (MQ=255) gCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCg > 1:401097/1‑133 (MQ=255) gCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCCTCAGGATCGGTGCATCAAGCCg > 1:189192/1‑133 (MQ=255) cTAACACTATTCAGCCTATGTTACTTACCCGGTTTCGCCAGTACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGaa < 2:173708/133‑1 (MQ=255) tAACACTATTCAGCAGATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGAAc < 1:234034/133‑1 (MQ=255) acacTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGAACGt > 1:81586/1‑133 (MQ=255) ttCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCACCAAGCCGGGGAGTAACATGAATGTTTTTaa > 1:167219/1‑133 (MQ=255) gCATATGTTAATTACTCGGCTTCGACAGCACAACCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGAACGTTTTTAATccc < 2:167219/133‑1 (MQ=255) cATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGAACGTTTTTAATCCcg > 1:451968/1‑133 (MQ=255) cATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGAACGTTTTTAATCCcg > 2:413363/1‑133 (MQ=255) gTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCTTCAAGCCGAGGAGTCCTCTGAACGTCTTTAACCCCGCGCAg > 2:253584/1‑133 (MQ=255) gTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGAACGTTTTTAATCCCGCGCAg > 1:119754/1‑133 (MQ=255) gcgGCTTCGCCAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGAACGTTTTTAATCGCGCGTAGTTGCGCGcc > 2:476678/1‑133 (MQ=255) cAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGAACGTTTTTAATCCCGCGCAGTTTCGCGCCCAGTTTCCCg < 2:401097/133‑1 (MQ=255) cAGGACATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGAACGTTTTTAATCCCGCGCAGTTTCGCGCCCAGTTTCCCg < 2:451968/133‑1 (MQ=255) | AATAATTGCGGCAGTCTTTTTCATCATCTTCTCCTTAAAGCGATTAATAAATCTTAATAGTATTGATTAACAGGCTAAAATTAACGCCTAACACTATTCAGCATATGTTACTTACGCGGCTTCGCCAGGATATCCAGATAATTCTGATGGTTAGCACTCTCCTTGTATCAAAGTGAATTTTGCGTCACGATCGGTGCATCAAGCCGAGGAGTACCATGAACGTTTTTAATCCCGCGCAGTTTCGCGCCCAGTTTCCCG > NC_000913/2943122‑2943379 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |