| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,958,339 | T→C | A182A (GCA→GCG) | ptrA ← | protease 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,958,339 | 0 | T | C | 93.3% | 40.2 / ‑3.7 | 15 | A182A (GCA→GCG) | ptrA | protease 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (8/6); total (9/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
CTCGTGGAAATCTTTCAGCGCCTGCTGCACCGGATTACCAGGTTTGTCGCTTAAAGTTTCGAGGTTACCACCAGAAAACTTTGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGTGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCCATGGTTAATTCAGCGTTCACCGCATTACGCTCACGTTCGGCATATTTCTTGTCGAGCAAAGGTTCAGCAATAGCATCGGCCAGGCGGTCTAC > NC_000913/2958216‑2958461 | ctcGTGGAAATCTTTCAGCGCCTGCTGCACCGGATTACCAGGTTTGTCGCTTAAAGTTTCGAGGTTACCACCAGAAAACTTTGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATgcgc > 1:373958/1‑133 (MQ=255) cAGCGCCTGCTGCACCGGATTACCAGGTTTGTCGCTTAAAGTTTCGAGGTTACCACCAGAAAACTTTGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTa < 2:373958/133‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGCTGCACCGGATTACCAGGTTTGTCGCTTAAAGTTTCGAGGTTACCACCAGAAAACTTTGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTa < 2:7130/133‑1 (MQ=255) gcCTGCTGCACCGGATTACCAGGTTTGTCGCTTAAAGTTTCGAGGTTACCACCAGAAAACTTTGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTAcgcg < 2:13161/133‑1 (MQ=255) ccTGCTGCACCGGATTACCAGGTTTGTCGCTTAAAGTTTCGAGGTTACCACCAGAAAACTTTGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACgcgc > 1:500653/1‑133 (MQ=255) ctgctgCACCGGATTACCAGGTTTGTCGCTTAAAGTTTCGAGGTTACCACCAGAAAACTTTGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGcc < 1:111738/133‑1 (MQ=255) gTCGCTTAAAGTTTCGAGGTTACCACCAGAAAACTTTGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCTATGGTTAAGTCAGGGTTCACCGCa > 2:129979/1‑133 (MQ=255) aaGTTTCGAGGTTACCACCAGAAAACTTTGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCCATGGTTAATTCAGCGTTCACCGCATTACGCTc < 1:45777/133‑1 (MQ=255) aCTTTGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCCATGGTTAATTCAGCGTTCACCGCATTACGCTCACGTTCGGCATATTTCTTGTCGAg > 1:307387/1‑133 (MQ=255) ttGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCCATGGTTAATTCAGCGTTCACCGCATTACGCTCACGTTCGGCATATTTCTTGTCGAGCaa < 2:264000/133‑1 (MQ=255) gggTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCCATGGTTAATTCAGCGTTCACCGCATTACGCTCACGTTCGGCATATTTCTTGTCGAGCAAAGGTTCAg > 1:285537/1‑133 (MQ=255) gggTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCCATGGTTAATTCAGCGTTCACCGCATTACGCTCACGTTCGGCATATTTCTTGTCGAGCAAAGGTTCAg > 2:24711/1‑133 (MQ=255) gggTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCCATGGTTAATTCAGCGTTCACCGCATTACGCTCACGTTCGGCATATTTCTTGTCGAGCAAAGGTTCAg > 2:307470/1‑133 (MQ=255) gcgtgtCCCGGGTTACTGGTTTCTGCCCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCCATGGTTAATTCAGCGTTCACCGGATCACGCTCACGTTCAGCAGATTTCTTGGCGAGTAAAGGTTCAg > 2:215769/3‑133 (MQ=255) tCTGCGCTGACCTGCGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCCATGGTTAATTCAGCGTTCACCGCATTACGCTCACGTTCGGCATATTTCTTGTCGAGCAAAGGTTCAGCAATAGCATCGGCCAGGCGGt > 1:496091/1‑133 (MQ=255) cgcTGACCTGTGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCCATGGTTAATTCAGCGTTCACCGCATTACGCTCACGTTCGGCATATTTCTTGTCGAGCAAAGGTTCAGCAATAGCATCGGCCAGGCGGTCTAc > 1:100346/1‑133 (MQ=255) | CTCGTGGAAATCTTTCAGCGCCTGCTGCACCGGATTACCAGGTTTGTCGCTTAAAGTTTCGAGGTTACCACCAGAAAACTTTGAACCGGGGTGTGCCGGGTTAATGGTTTCTGCGCTGACCTGTGCCATGCGCATCCCGTCACGCGTACGCGCCATGGTTAATTCAGCGTTCACCGCATTACGCTCACGTTCGGCATATTTCTTGTCGAGCAAAGGTTCAGCAATAGCATCGGCCAGGCGGTCTAC > NC_000913/2958216‑2958461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |