| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,028,327 | T→C | F403L (TTC→CTC) | ghxQ → | guanine/hypoxanthine transporter GhxQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,028,327 | 0 | T | C | 95.7% | 74.0 / ‑6.8 | 23 | F403L (TTC→CTC) | ghxQ | guanine/hypoxanthine transporter GhxQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (11/11); minor base A (1/0); total (12/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCCTGGTTACGCCACTGCACCCGCTCTGATGTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGTTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCCGCGTCTTTGCACGCGAATGGCAAAAGCTGAATATTGGTACGGTGATCATTACTGCCGCA > NC_000913/3028208‑3028452 | tCCCTGGTTACGCCACTGCACCCGCTCTGATGTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGAc > 2:102246/1‑133 (MQ=255)tCCCTGGTTACGCCACTGCACCCGCTCTGATGTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGAc < 2:23242/133‑1 (MQ=255) aCGCCACTGCACCCGCTCTGATGTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGATCAACGATCTGACGTGTAatat > 1:234072/1‑133 (MQ=255) cGCCACTGCACCCGCTCTGATGTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATc < 2:65507/133‑1 (MQ=255) ccACTGCACCCGCTCTGATGTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGACGTGCTCTTCGGTCAGACTTGTAATATCGt > 1:196723/1‑133 (MQ=255) cTGCACCCGCTCTGATGTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTAc < 2:452498/133‑1 (MQ=255) cTGCACCCGCTCTGATGTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTAc < 1:515065/133‑1 (MQ=255) cTGCACCCGCTCTGATGTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTAc < 1:102246/133‑1 (MQ=255) cTGCACCCGCACTGACGTACGTAGCTTTTCTGATGTTAAGTGACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTAc < 2:145219/133‑1 (MQ=255) cccGCTCTGATGTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAGCGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGta < 2:362893/133‑1 (MQ=255) gTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACGTGTAATAGCGTCACTGGTATTCTGCTGGGc > 1:194250/1‑133 (MQ=255) gTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTtg > 1:452353/1‑133 (MQ=255) aTGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCg < 1:49003/133‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCcg < 2:452353/133‑1 (MQ=255) tcGAAGCTGGATTTCAATGACTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCCGCGTCTTTg > 1:256667/1‑133 (MQ=255) aaGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCCGCGTCTTTGCAc > 1:99178/1‑133 (MQ=255) ttttATTGACCCTATCGCTGGCCTCGTGTGTGGCGTGCTCACCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCCGCGTCTTTGCACGCGAATGGCAAAAGCTg < 2:194250/133‑1 (MQ=255) ttATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCCGCGTCTTTGCACGCGAATGGCAAAAGCTGaa < 2:374774/133‑1 (MQ=255) cGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCCGCGTCTTTGCACGCGAATGGCAAAAGCTGAATATTGGt > 1:510279/1‑133 (MQ=255) gcCTGGTGTGTGCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCCGCGTCTTTGCACGCGAATGGCAAAAGCTGAATATTGGTACGGTGATCAt > 1:117187/1‑133 (MQ=255) tgtgtgCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCCGCGTCTTTGCACGCGAATGGCAAAAGCTGAATATTGGTACGGTGATCATTACTGc > 1:284723/1‑133 (MQ=255) tgCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCCGCGTCTTTGCACGCGAATGGCAAAAGCTGAATATTGGTACGGTGATCATTACTGCCGCa > 2:298579/1‑133 (MQ=255) tgCCGTGCTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCCGCGTCTTTGCACGCGAATGGCAAAAGCTGAATATTGGTACGGTGATCATTACTGCCGCa > 2:409751/1‑133 (MQ=255) | TCCCTGGTTACGCCACTGCACCCGCTCTGATGTACGTAGGTTTGCTGATGTTAAGTAACGTCTCGAAGCTGGATTTCAATGATTTTATTGACGCTATGGCTGGCCTGGTGTGTGCCGTGTTCATCGTTCTGACTTGTAATATCGTTACCGGTATTATGCTGGGCTTTGTGACACTGGTCGTAGGCCGCGTCTTTGCACGCGAATGGCAAAAGCTGAATATTGGTACGGTGATCATTACTGCCGCA > NC_000913/3028208‑3028452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |