Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,063,466 | A→G | K407R (AAG→AGG) | yihN → | putative transporter YihN |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,063,466 | 0 | A | G | 93.5% | 90.6 / ‑1.8 | 31 | K407R (AAG→AGG) | yihN | putative transporter YihN |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (15/14); total (17/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 |
ATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCA > NC_000913/4063339‑4063594 | aTGTTCTGCTGCAGTCTCTATGGCCTCATTCTGGATTTAAAACCGGGGATTATTAGATACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTTGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTa < 2:225238/133‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGc < 2:345429/133‑1 (MQ=255) ttCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAAc < 1:112366/133‑1 (MQ=255) cAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATACTGGTTAGACGTAGTAGCCAACGt > 2:174306/1‑133 (MQ=255) gTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTaa < 2:429994/133‑1 (MQ=255) gTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTaa > 2:207469/1‑133 (MQ=255) cTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTaata < 1:260183/133‑3 (MQ=255) tACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGAAATGCTGGCTAGCCGTTTTAGCCAATGTAAGAAAGAGATGc > 2:184899/1‑133 (MQ=255) cATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTg > 1:335967/1‑133 (MQ=255) ttCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGTCGTGTTAACCAACGTAGGAAATAGATGCTggc > 2:169109/1‑133 (MQ=255) ggATTTAAATCCGGGCATTATTCGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCt < 1:169109/133‑1 (MQ=255) gATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTg < 1:300149/133‑1 (MQ=255) gATTTAAAGCCGGGGATTATTGACTACAAATTCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTg < 1:184899/133‑1 (MQ=255) aTTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGa < 1:398977/133‑1 (MQ=255) aaaTCCGGGGATTATTGGCTACGAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCt < 1:207469/133‑1 (MQ=255) tGGCTACAAAGTCGTCTTTGGCATGATGGCCTTCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGa < 2:193743/133‑1 (MQ=255) tGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGa > 2:412746/1‑133 (MQ=255) aaaaTCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCtt > 2:370587/1‑133 (MQ=255) aTGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAAc < 2:335967/133‑1 (MQ=255) tGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATc > 2:452197/1‑133 (MQ=255) tGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATc > 1:307684/1‑133 (MQ=255) gCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCa > 1:276984/1‑133 (MQ=255) cTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTACTGGCCGGACGTGCTTAATCCGGCCACCGAACACCGTATCaa > 2:187412/1‑133 (MQ=255) cATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTTATCCGGCCAACTAAAACCGTACCAACCGTa > 1:173987/1‑133 (MQ=255) cATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCAAcc < 1:350430/130‑1 (MQ=255) cATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCAAcc > 2:350430/1‑130 (MQ=255) aGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCAACCGTAGGCCg > 1:277552/1‑133 (MQ=255) aGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAAGGCTGGTTCGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCAACCGTAGGCCg < 1:174306/133‑1 (MQ=255) gCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCAACCGTAGGCCGGATAAg > 2:300985/1‑133 (MQ=255) tggtTTCCGTAATGCTGGTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCAACCGTAGGCCGGATAAGGCGt > 1:479938/1‑133 (MQ=255) aaTGCTGGTTAGGCGTATTAGCCACCGTTAGACAGAGATGCAGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCa < 2:173987/133‑1 (MQ=39) gTTAGGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCAACCGTAGGCCGGATAGGGCGTTAACGCCGAATCCGGCa > 1:146849/1‑133 (MQ=255) | ATGTTCTGCTTCAGTCTGTATGGCTACATTCTGGATTTAAATCCGGGGATTATTGGCTACAAAATCGTGTTTGGCATTATGGCCTGCTTCGCATTCAGTGGTGCGGTGGTTTCCGTAATGCTGGTTAAGCGTATTAGCCAACGTAAGAAAGAGATGCTGGCGGCTGAAGCTTAATTAATGGCCGGATGTGCTTAATCCGGCCAACGAAAACCGTATCAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCA > NC_000913/4063339‑4063594 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |