Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 319,208 | C→T | G265D (GGT→GAT) | rclA ← | putative pyridine nucleotide‑disulfide oxidoreductase RclA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 319,208 | 0 | C | T | 94.2% | 157.7 / ‑0.6 | 52 | G265D (GGT→GAT) | rclA | putative pyridine nucleotide‑disulfide oxidoreductase RclA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (27/22); total (29/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
CGGTAATCATCCAGTGATATGTAAGTAAATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATACCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGATTTTCATGGTGACTGATTCGCTC > NC_000913/319079‑319335 | cGGTAATCATCCAGTGATATGTAAGTAAATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCgg > 2:514726/1‑133 (MQ=255) cGGTAATCATCCAGTGATATGTAAGTAAATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGCTTACTGCGATATCgg > 1:187969/1‑133 (MQ=255) atcCAGTGATATGTAAGTAAATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCt > 1:342277/1‑133 (MQ=255) acccAGTGATATGTAAGTAAATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCt < 2:333636/131‑1 (MQ=255) gTGATATGTAAGTAAATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATg < 2:4447/133‑1 (MQ=255) atGTAAGTAAATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACg < 1:278869/133‑1 (MQ=255) gtaagtaaATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGaa < 2:86555/133‑1 (MQ=255) agtaaATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATACCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCg > 1:269511/1‑133 (MQ=255) gtaaATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCACATATTTTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGATCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAAGGAAGCgg > 2:382680/1‑133 (MQ=255) gtaaATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTGGTTTACTGAGATCTCGTCATTTTCTGGATGTAACGAAGCgg > 2:194750/1‑133 (MQ=255) gtaaATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCgg > 2:394741/1‑133 (MQ=255) gtaaATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCgg > 1:256567/1‑133 (MQ=255) gtaaATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCgg < 2:350305/133‑1 (MQ=255) gtaaATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCgg > 1:447737/1‑133 (MQ=255) aaTTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAg > 1:129335/1‑133 (MQ=255) aTTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACg > 2:67458/1‑123 (MQ=255) aTTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACg < 1:67458/123‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATACCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGc < 2:269511/133‑1 (MQ=255) cccGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTga > 2:57861/1‑133 (MQ=255) gTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCgg < 2:256567/133‑1 (MQ=255) gTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCgg < 2:447737/133‑1 (MQ=255) gTAACATCGCCCATCTCCCAAATATTGTCTACGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCgg < 1:184756/133‑1 (MQ=255) gTAACATCCCCCATCCCCCAAACATTGTCTCCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCgg < 1:154070/133‑1 (MQ=255) tcCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTAtt > 1:125207/1‑133 (MQ=255) tcCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTAtt < 2:333588/133‑1 (MQ=255) tcCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTAtt < 2:342277/133‑1 (MQ=255) aTCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATATAACGAAGCGGTGGACTATTGACGAACGGAAACTATTaaaa > 2:245872/1‑131 (MQ=255) gCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTg < 2:482887/133‑1 (MQ=255) tCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCa > 1:319442/1‑133 (MQ=255) gCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGtt > 2:509696/1‑133 (MQ=255) cGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTg > 2:29722/1‑133 (MQ=255) gtATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATACCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGt > 1:260794/1‑133 (MQ=255) tGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCt < 1:258032/133‑1 (MQ=255) tGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCt < 1:262616/133‑1 (MQ=255) tAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCg > 1:83515/1‑133 (MQ=255) tAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCg < 1:509696/133‑1 (MQ=255) tCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTa > 1:86108/1‑133 (MQ=255) gCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGTATCCACCGCCAATTAGGCGTGGTCGCTAtg > 1:169402/1‑133 (MQ=255) gCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTAtg > 1:307465/1‑133 (MQ=255) gCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCCATTAACAGGGCAGCCAACGCCAGTTAGGCGTGCTCGCTAtg > 2:180003/1‑133 (MQ=255) cTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTAtgc > 1:346873/1‑133 (MQ=255) cTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTAtgc > 1:411581/1‑133 (MQ=255) aaCGACAATTGCCCTGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTAtgcacttgc > 1:69797/1‑133 (MQ=255) aaCGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGTATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTAtgcacttgc < 2:16807/133‑1 (MQ=255) aCAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATgcacttgcactt < 1:48598/133‑1 (MQ=255) gCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGAtttt > 1:428794/1‑133 (MQ=255) ccGCGCTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAATCTATTATCAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGATTTTCAt < 2:129335/133‑1 (MQ=255) cgcTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGATTTTCATGGt > 2:502889/1‑133 (MQ=255) cgcTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGATTTTCATGGt > 1:468114/1‑133 (MQ=255) cTCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTGGGGCGTGCACGCAATGAACTTGCACGTGATGTTCATGGTGa > 2:138437/1‑133 (MQ=255) tCGTTTACTGCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGATTTTCATGGTGAc < 1:514726/133‑1 (MQ=255) tagtGCGATGTCGGCCTTTTCTGGCTGTAACGCAGCGGTAGGCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGATTTTCATGGTGACTGAtt < 2:225248/130‑1 (MQ=255) tACTGCGACATCGGCATTATCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGATTTTCATGGTGACTGAtt < 1:245872/133‑1 (MQ=255) gCGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGATTTTCATGGTGACTGATTCGCt < 1:294015/133‑1 (MQ=255) cGATATCGGCTTTTTTTGGATGTACCGAGGCGGTAGCCGGTGGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGATTTTCATGGTGACTGATTCGCTc < 2:187969/133‑1 (MQ=255) cGATATCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGATTTTCATGGTGACTGATTCGCTc < 2:69797/133‑1 (MQ=255) | CGGTAATCATCCAGTGATATGTAAGTAAATTGCAGCCCGCCGGTAACATCTCCCATCGCCCAAATATTGTCTGCGGTGGTATGTAATCGCTTGTCAACGACAATTGCCCCGCGCTCGTTTACTGCGATACCGGCATTTTCTGGATGTAACGAAGCGGTAGCCGGTTGACGACCGGAAGCTATTAACAGTGCATCCACCGCCAGTTGGGCGTGCTCGCTATGCACTTGCACTTGATTTTCATGGTGACTGATTCGCTC > NC_000913/319079‑319335 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |