| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 393,177 | A→G | pseudogene (208/1449 nt) | yaiT → | putative autotransporter YaiT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 393,177 | 0 | A | G | 97.8% | 153.2 / NA | 46 | pseudogene (208/1449 nt) | yaiT | putative autotransporter YaiT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (17/28); minor base T (0/1); total (17/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCCGTACTGACAAACTGGAACTGACCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTACCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAACTGGATAACAGCTCTGTAGAC > NC_000913/393051‑393302 | ttCCGTACTGACAAACTGGAACTGACCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTggg < 1:392937/133‑1 (MQ=255)ttCCGTACTGACAAACTGGAACTGACCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTggg < 1:90295/133‑1 (MQ=255) tCCGTACTGACAAACTGGAACTGACCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGa > 1:426362/1‑133 (MQ=255) tCCGTACTGACAAACTGGAACTGACCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGa < 1:335714/133‑1 (MQ=255) ccGTACTGACAAACTGGAACTGACCAGCGGTAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGAt < 2:372902/133‑1 (MQ=255) ccGTACTGACAAACTGGAACTGACCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGAt < 1:446995/133‑1 (MQ=255) tGACAAACTGGAACTGACCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTcc > 1:333226/1‑133 (MQ=255) cTGGAACTGACCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTa > 1:433662/1‑133 (MQ=255) ggAACTGACCAGCGGAAACATCGCTGACAATAACGGTAACGAAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAAc < 2:235146/133‑1 (MQ=255) gAACTGACCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACt < 2:32653/133‑1 (MQ=255) tGACCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACtacgg < 1:496761/133‑1 (MQ=255) aCCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACtacggtt > 1:309580/1‑133 (MQ=255) cAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACtacggttac < 2:426362/133‑1 (MQ=255) cGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACtacggttacggt > 1:360014/1‑133 (MQ=255) ggCAACATAGCTGACCATTACGCTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTa < 1:175528/133‑1 (MQ=255) cGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCt < 1:12853/133‑1 (MQ=255) tAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGt < 2:309580/133‑1 (MQ=255) tGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATc > 2:3873/1‑133 (MQ=255) ggTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCa > 2:3692/1‑133 (MQ=255) gtgtgtTCGATATCCATAGCCGCGATTACGTTCTGGATTCTGGTCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATcga > 2:436099/1‑131 (MQ=255) gtgtTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTGTGAACTCAGATGGTGACCTGATTATCAACg > 1:204486/1‑133 (MQ=255) tgtTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGGATTGTTGCGATGAACTTTGATGGTCACCTGTCTATCAACgg > 2:211339/1‑133 (MQ=255) 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gcGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACaa < 2:309770/133‑1 (MQ=255) gcGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACaa < 1:68919/133‑1 (MQ=255) cGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTa > 1:127041/1‑127 (MQ=255) cGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTa < 2:127041/127‑1 (MQ=255) cGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAAc > 2:294954/1‑133 (MQ=255) cGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAAc > 1:14945/1‑133 (MQ=255) tCTGAACGCTTATCTTGTGAACGAGCGTTCCTTGGATACTTTCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGaa < 2:204486/133‑1 (MQ=255) tCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGaa < 2:14945/133‑1 (MQ=255) tCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGaa < 2:433662/133‑1 (MQ=255) cTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAAc < 2:333226/133‑1 (MQ=255) cTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAAc < 2:360014/133‑1 (MQ=255) gATCTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAACTGGATAACa < 1:3873/133‑1 (MQ=255) gATCTGGTCAACGACTGTACCTAGGATACTGCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAACTGGATAACa < 1:244114/133‑1 (MQ=255) aTCTGGTGGACGACCCTGTCTGGGATACTTTCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAACTGGATAACAg < 1:211339/133‑1 (MQ=255) cTGGTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAACTGGATAACAGct < 1:294954/133‑1 (MQ=255) ggTGAACGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAACTGGATAACAGctct < 2:362881/133‑1 (MQ=255) aCGACCGTGCTTGGGCTACTTCCAGGTCTAACTACGGTTACCGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAACTGGATAACAGCTCTGTAGa < 2:153756/133‑1 (MQ=255) cGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAACTGGATAACAGCTCTg > 2:326441/1‑128 (MQ=255) cGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAACTGGATAACAGCTCTg < 1:326441/128‑1 (MQ=255) cGACCGTGCCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAACTGGATAACAGCTCTGTAGAc > 2:106393/1‑133 (MQ=255) | TTCCGTACTGACAAACTGGAACTGACCAGCGGCAACATCGCTGACCATAACGGTAACGTAGTATCTGGTGTGTTCGATATCCATAGCAGCGATTACGTTCTGAACGCTGATCTGGTGAACGACCGTACCTGGGATACTTCCAAGTCTAACTACGGTTACGGTATTGTTGCTATGAACTCTGATGGTCACCTGACTATCAACGGTAACGGCGACGTAGACAACGGTACTGAACTGGATAACAGCTCTGTAGAC > NC_000913/393051‑393302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |