Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 562,803 | A→G | R156R (AGA→AGG) | sfmH → | putative fimbrial adhesin protein SfmH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 562,803 | 0 | A | G | 97.4% | 129.6 / ‑4.2 | 39 | R156R (AGA→AGG) | sfmH | putative fimbrial adhesin protein SfmH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (18/20); total (18/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 |
ATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGA > NC_000913/562679‑562927 | aTTATATTCGGATGGGAACCGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCAATCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGAt < 1:110429/133‑1 (MQ=255) aTTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGAt > 1:65903/1‑133 (MQ=255) atatTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGtt < 1:48940/133‑1 (MQ=255) atTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCACTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTa < 1:68151/133‑1 (MQ=255) ttCGGATGGGAACAGATCGTAAGGTTTCGCCAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTAc < 1:188864/133‑1 (MQ=255) ggATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCgt > 1:459646/1‑133 (MQ=255) aTGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCgtgt > 2:14510/1‑133 (MQ=255) aTGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCgtgt > 2:90705/1‑133 (MQ=255) aTGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCgtgt > 2:371589/1‑133 (MQ=255) aTGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTAGTAACATGGGGGAAAACTACAGGCAGGTGATGCTTACCgtgt > 2:254096/1‑133 (MQ=255) gAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTAtgt < 2:19266/133‑1 (MQ=255) ccTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCaa < 2:113422/133‑1 (MQ=255) aaCGTTTCGCAAAACTTTCCATGCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGc < 1:254096/133‑1 (MQ=255) aaCGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGc > 2:365698/1‑133 (MQ=255) tttCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATGCTCGTTTACTATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTa < 2:205955/133‑1 (MQ=255) tttgcgaaaCCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGAGTACGTAACATCAACGCCTTAc > 1:176691/7‑133 (MQ=255) tCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACg > 2:452311/1‑133 (MQ=255) cGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGa > 2:26596/1‑133 (MQ=255) cGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGa > 1:119133/1‑133 (MQ=255) ataCCTTCCTCTCGGCGTGATGGCGTTTCGTTCAATATTTCCTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCg < 2:250734/131‑1 (MQ=255) aCCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGtt < 2:65903/133‑1 (MQ=255) ttCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGt < 2:119133/133‑1 (MQ=255) ttCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTacac < 2:459646/133‑1 (MQ=255) ttCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTacac < 1:26596/133‑1 (MQ=255) ttCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTacac < 2:412633/133‑1 (MQ=255) tCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACAcc > 2:455865/1‑133 (MQ=255) ggggTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTg > 1:407129/1‑133 (MQ=255) tGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTta < 1:365698/133‑1 (MQ=255) aTTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCAt < 1:90705/133‑1 (MQ=255) tcGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGt > 1:392699/1‑133 (MQ=255) ttCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCg < 2:480014/133‑1 (MQ=255) cGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCggg > 1:468756/1‑133 (MQ=255) aTTCGTCCCTTTATTAACTTGGTGGAGCTCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGCGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTAAACGTGTTTATAGCATCAGTTTTGGTGGCCGGGTGGAAGTACCGc > 2:201288/1‑133 (MQ=255) cTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGc < 1:21489/133‑1 (MQ=255) cTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGc > 1:472698/1‑133 (MQ=255) tttATTAACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCg > 2:274471/1‑133 (MQ=255) ttaACATGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAAtt < 2:404061/133‑1 (MQ=255) aTGGTGGAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATg < 2:119547/133‑1 (MQ=255) tggtggAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGc > 1:364151/1‑133 (MQ=255) gtggAGATCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCg > 2:403182/1‑133 (MQ=255) aTCCCCAGGCAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGa < 2:35706/133‑1 (MQ=255) | ATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGA > NC_000913/562679‑562927 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |