| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,132,417 | T→C | G188G (GGT→GGC) | flgD → | flagellar biosynthesis, initiation of hook assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,132,417 | 0 | T | C | 95.0% | 58.3 / ‑3.8 | 21 | G188G (GGT→GGC) | flgD | flagellar biosynthesis, initiation of hook assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (8/11); total (9/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
ATTGGTGAACTGACCGCCGGAGTTCACAGTTTCACCTGGGACGGTACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGTGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAGCGGTAATACGCTGGATCTCGGCACTTACGGCACCACCACCCTCGACGAAGTACGGCAGA > NC_000913/1132307‑1132541 | atTGGTGAACTGACCGCCGGAGTTCACAGTTTCACCTGGGACGGTACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGc < 2:261381/133‑1 (MQ=255) ggTGAACTGACCGCCGGAGTTCACAGTTTCACCTGGGACGGTACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATTTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGc > 1:328943/1‑133 (MQ=255) ggTGAACTGACCGCCGGAGTTCACAGTTTCACCTGGGACGGTACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGc > 1:454475/1‑133 (MQ=255) aCCGCCGGAGTTCACAGTTTCACCTGGGACGGTACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTg < 2:515917/133‑1 (MQ=255) cgccgGAGTTCACAGTTTCACCTGGGACGGTACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGct < 2:454475/133‑1 (MQ=255) ccgGAGTTCACAGTTTCACCTGGGACGGTACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGctct < 2:483363/133‑1 (MQ=255) aGTTCACAGTTTCACCTGGGACGGTACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTg < 1:384036/133‑1 (MQ=255) gTTCGCAGGTTCACCTGGAACGCTACGTTGTCTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTTTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGc < 1:179847/133‑1 (MQ=255) gTTCACAGTTTCACCAGGGACGGTCCGTAGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGc < 2:140690/133‑1 (MQ=255) gACGGTACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCa < 1:296727/133‑1 (MQ=255) gACGGTACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCa > 2:296727/1‑133 (MQ=255) aCGGTACGTTGACTGATGGCAGCATTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCaa < 1:372734/133‑1 (MQ=255) tACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAGc > 2:115242/1‑133 (MQ=255) cTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAGCGGTAATAc > 2:296655/1‑133 (MQ=255) gATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAGCGGTAATACGc > 2:74906/1‑133 (MQ=255) gATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGGGTGATCCGCGGCAACAGCGGTAATACGc > 2:389566/1‑133 (MQ=255) gAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAGCGGTAATACGCTGGATCTCGGCACTTAc < 1:389566/133‑1 (MQ=255) tGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCCCGGCAACAGCAGTAATACGTTGGATCTGGGCACTTAAGGCAGCACCACCCTc > 2:206429/1‑133 (MQ=255) gCGATTAGCGCCAGTAACGGTGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAGCGGTAATACGCTGGATCTCGGCACTTACGGCACCACCACCCTcgacg > 2:66759/1‑133 (MQ=255) cgcCAGTAACGGCGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAGCGGTAATACGCTGGATCTCGGCACTTACGGCACCACCACCCTCGACGAAGTACgg < 1:74906/133‑1 (MQ=255) aGTAACGGGGGTACACAACTGGTTGCCCAGTCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAGCGGTAATACGCTGGATCTCGGCACTTACGGCACCACCACCCTCGACGAAGTACGGCAGa < 1:206429/133‑1 (MQ=255) | ATTGGTGAACTGACCGCCGGAGTTCACAGTTTCACCTGGGACGGTACGTTGACTGATGGCAGCACTGCGCCGAACGGTTCTTACAATGTAGCGATTAGCGCCAGTAACGGTGGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAGCGGTAATACGCTGGATCTCGGCACTTACGGCACCACCACCCTCGACGAAGTACGGCAGA > NC_000913/1132307‑1132541 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |