| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 618,377 | (A)7→6 | coding (124/1134 nt) | fepE → | polysaccharide co‑polymerase family protein FepE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 618,371 | 0 | A | . | 89.9% | 710.6 / 115.8 | 237 | coding (118/1134 nt) | fepE | polysaccharide co‑polymerase family protein FepE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/1); new base . (23/181); total (53/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
ACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTC‑GTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAAGAGTTGGAGAAA > NC_000913/618232‑618505 | aTTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCaaaaa > 2:6213367/1‑140 (MQ=255) cAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTGAATCTAATCTCAGTATTATGGAGGGCCAAAAAAAggg > 1:1988260/1‑140 (MQ=255) aGGTTATACCCCATGACATCACCGATTATCAAACAGGCAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCC‑AAAAAACGGTc < 1:2095718/140‑1 (MQ=255) gTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCCAAAAACCgtcat > 1:3912192/1‑136 (MQ=255) tataCCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAA‑GGTCATgg > 1:5520876/1‑140 (MQ=255) tataCCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAA‑GGGCATgg > 1:1439060/1‑140 (MQ=255) tataCCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCGAATCTCAGTTTTATTGCGGGCGCAAAAAA‑GGTCATgg > 1:2256573/1‑140 (MQ=255) ataCCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCCAAAAAA‑GGTCATggg > 2:7389348/1‑139 (MQ=255) aCCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCC‑AAAAAACGGTCATGGCgg < 2:38616/140‑1 (MQ=255) aCCCCATGTCATCACTGAATATCAAGCAGGGAAGTGATGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCC‑AAAAAACGGTCATGGCgg < 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tctcAGTTTTATGGC‑GGCCCAACAAACGGTCCTGGCGGTC‑GTTTTTGCCTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGc < 2:2038140/140‑1 (MQ=255) gacaggTTTTATGGCGGGCC‑AAAAAACGGTCATGGCGGTC‑GTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGc < 1:5960129/135‑1 (MQ=255) ctcAGTTTTATGGCGGGCC‑AAAAAACGGTCATGGCGGTC‑GTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCa < 1:330061/140‑1 (MQ=255) gTTTTATGGCGGGCC‑AAAAAACGGTCATGGCGGTC‑GTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAagag < 2:312142/140‑1 (MQ=255) gTTTTATGGCGGGCC‑AAAAAACGGTCATGGCGGTC‑GTTTTTGCGTTCGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCACCAGAACCTGTTCAGTGGCAagag < 2:4289327/140‑1 (MQ=255) gTTTTATGGCGGGCC‑AAAAAACCGTCATGGCCGTC‑GTTTTTGCGTTTGACTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAagag < 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gCGGGCC‑AAAAAACGCTCATGGCGGAC‑GTCTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAAGAGTTGGAGaa < 1:2589070/140‑1 (MQ=255) cGGGCC‑AAAAAACGGTCATGGCGGTC‑GTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAAGAGTTGGAGaaa < 2:5770371/140‑1 (MQ=255) | ACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCTCAGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTC‑GTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAAGAGTTGGAGAAA > NC_000913/618232‑618505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |