| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,313,304 | G→A | intergenic (+128/‑184) | micF → / → rcsD | small regulatory RNA MicF/RcsD phosphotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,313,304 | 0 | G | A | 99.8% | 2881.2 / ‑5.8 | 830 | intergenic (+128/‑184) | micF/rcsD | small regulatory RNA MicF/RcsD phosphotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (388/438); total (389/441) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 843 total aligned reads displayed.
GGTTTTTTTTACCCTTCTTTACACACTTTTCATTATTCTGTGCTACCACAGAAAAACTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCTTTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATAGAGAATCATCAATCAGGTAAGAGTCTGGAATTTCACACTGTACCCTT > NC_000913/2313167‑2313440 | ttttttttACCCTTCTTTACACACTTTTCATTATTCTGTGCTACCACAGAAAAACTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTATTgg > 2:5902660/1‑140 (MQ=255) ttttttACCCTTCTTTACACACTTTTCATTATTCTGTGCTACCACAGAAAAACTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTATTGGGc < 2:5395214/140‑1 (MQ=255) aCCCTTCTTTACACACTTTTCATTATTCTGTGCTACCACAGAAAAACTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTATTGGGCTTTTTg < 2:1191545/140‑1 (MQ=255) cccTTCTTTACACACTTTTCATTATTCTGTGCTTCCACAGAAAAACTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTATTGGGCTTTTTGt < 1:4527509/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |