| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,821,923 | A→G | V30A (GTA→GCA) | alaS ← | alanine‑‑tRNA ligase/DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,821,923 | 0 | A | G | 98.9% | 1300.3 / ‑2.8 | 368 | V30A (GTA→GCA) | alaS | alanine‑‑tRNA ligase/DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base G (177/185); total (180/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
TGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTACCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGAAATATCGCCACCAGCTCCAGCGT > NC_000913/2821786‑2822059 | gtTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAgg < 2:4169410/140‑1 (MQ=255) caccCGCACGCACGCAGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCCGCGTTGGTCAACAACAGAGTTGGGTGGTTATGGGGTGCCAGGGAgctg > 2:2876196/1‑140 (MQ=255) accCGCACGCACGCAGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAgctgc < 2:89325/140‑1 (MQ=255) ccGCACGCACGCAGCATTGGGATGTGGTAGCGCGGGACTAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGctgctg < 1:2828416/140‑1 (MQ=255) gcacgcacgcaGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATCATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGc > 2:469069/1‑140 (MQ=255) gcacgcacgcaGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTGGGTAAACACCAAGGTTGGGTCGTTAAGGGGAGCCAGGGAGCTGCTGGc > 2:2828416/1‑140 (MQ=255) cacgcacgcaGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCa < 1:6490641/140‑1 (MQ=255) cacgcaGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTACCAGGGAGCTGCTGGCAACTa > 1:4895531/1‑140 (MQ=255) acgcaGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTAc > 2:6842572/1‑140 (MQ=255) cgcaGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTAcc > 1:5035354/1‑140 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(MQ=255) cGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATg > 1:4951660/1‑140 (MQ=255) cGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTACCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATg < 2:5543999/140‑1 (MQ=255) cGTTGGGAAGTGGTAACGCGGGAATTATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATg < 1:3009694/140‑1 (MQ=255) ttGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTc < 2:4121388/140‑1 (MQ=255) gggAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTccc < 1:386742/140‑1 (MQ=255) ggAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTg < 2:4340066/132‑1 (MQ=255) ggAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCCGATGTCCCt < 1:375093/140‑1 (MQ=255) tGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGAt < 2:790493/129‑1 (MQ=255) ggTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTAt > 2:6103324/1‑140 (MQ=255) gTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCGGGGAGCTGCTGGCAACTACCTTATGTCCCTTACTATg > 1:2751019/1‑140 (MQ=255) gTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATg > 1:2417432/1‑140 (MQ=255) gcgcGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCTCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGAt > 2:6231523/1‑124 (MQ=255) gcgcGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGAt < 1:6231523/124‑1 (MQ=255) gcgcGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGaa > 2:5397756/1‑140 (MQ=255) ggcgGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGaaa < 2:1736783/139‑1 (MQ=255) cgGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGATGCTGGCGACTCCCAGATGTCCCTTACTATGGaaaaa > 1:2611957/1‑140 (MQ=255) ggAATAATTACGCTTGTCGAGCTCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGt > 1:917391/1‑140 (MQ=255) ggAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGt > 2:490738/1‑140 (MQ=255) 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tCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACg < 1:4867277/140‑1 (MQ=255) aGCCCAAGGAACACATCCTTGATCTGGTTCAGCCCTGCGATGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGAt < 2:2501756/140‑1 (MQ=255) gCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGAtc < 2:666191/140‑1 (MQ=255) ccAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGAtctc < 2:7082331/140‑1 (MQ=255) aaGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAg < 2:1421095/140‑1 (MQ=255) aGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGc > 1:1395073/1‑140 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2:5469176/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGGTAAACAACAAAGTTCGGTCGTCATGGGGTCCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAAt < 1:3342630/140‑1 (MQ=255) gCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGTTCTCAGCAGTGTTCTTGCTCAGAATTATCCTGAAATc > 1:3595478/1‑140 (MQ=255) gCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATc < 1:5203763/140‑1 (MQ=255) gCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATc < 1:7515236/140‑1 (MQ=255) cGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCa > 2:5705402/1‑140 (MQ=255) cGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAAAGCCTGACGGATCGCGGGGGTGCTCTTGCTCAGAATTATCCTGAAATCa > 2:3342630/1‑140 (MQ=255) caacaaAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGaa < 1:6776496/140‑1 (MQ=255) caacaaAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGaa < 2:7199876/140‑1 (MQ=255) acaaAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGaa > 2:4472183/1‑138 (MQ=255) acaaAGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGaa < 1:4472183/138‑1 (MQ=255) aaGTTGGGTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGAAATATc < 1:6831768/140‑1 (MQ=255) gggTCGTTATGGGGTGCCAGGGCGCTGCTGGCAACCACCCGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGAAATATCGccac < 2:2108761/140‑1 (MQ=255) gggTCGTTATGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGAAATATCGccac < 1:1047291/140‑1 (MQ=255) gggTCGTTATGGGGTGCAAGGGTGCTGCTGGTAACCACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGAAATATCGccac < 2:2754003/140‑1 (MQ=255) gTTATGGGGTGCCAGCGAGCTGCTGGCAATTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGAAATATCGCCACCAGCt < 1:2188209/140‑1 (MQ=255) aTGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGAAATATCGCCACCAGCTCCa > 1:4385858/1‑140 (MQ=255) aTGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATAAAGATAACGAAATATCGCCACCAGCTCCa > 1:2019250/1‑140 (MQ=255) tGGGGTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGAAATATCGCCACCAGCTCCAg < 2:4016719/140‑1 (MQ=255) ggggTGCCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGAAATATCGCCACCAGCTCCAGc < 1:181496/140‑1 (MQ=255) | TGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAATAATTACGCTTGTCGAGCCCAAGGAACACATCCTTGAACTGGTTCATCCCGGCGTTGGTAAACAACAAAGTTGGGTCGTTATGGGGTACCAGGGAGCTGCTGGCAACTACCTGATGTCCCTTACTATGGAAAAAGTCGAGAAACGCCTGACGGATCTCAGCGGTGCTCTTGCTCATAATTATCCTGAAATCAAGCTAACGAAATATCGCCACCAGCTCCAGCGT > NC_000913/2821786‑2822059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |