| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,909,883 | G→A | intergenic (‑217/+11) | pyrG ← / ← mazG | CTP synthetase/nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,909,883 | 0 | G | A | 99.5% | 1348.2 / NA | 394 | intergenic (‑217/+11) | pyrG/mazG | CTP synthetase/nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (187/203); minor base C (2/0); total (191/203) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 397 total aligned reads displayed.
ACAAACTTTCATTATCCCTCCTCTTCGCCAGCGCACTATTGAAATCAGGAGTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCGCGTAATTCCCTTAGAGATCAATTTCCTGCCGTTTTACCTGTTGCCAGACTTCTTCCATTGTTTCGAGGTCAACACCTGTCATTTCCAGTCCACGCGCGGCAACAATACGCTCCACTTCGCGAAAACGACGCTCGAA > NC_000913/2909747‑2910019 | acaAACTTTCATTATCCCTCCTCTTCGCCAGCGCACTATTGAAATCAGGAGTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCACGt < 2:707055/140‑1 (MQ=255)acaAACTTTCATTATCCCTCCTATTTGCCCGCGCACTTTTGAAATCAGGAGTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCACGt < 1:3715824/140‑1 (MQ=255) aaaCTTTCATTATCCCTGCTCTACGCCAGCGAACTATTGCAATCAGGACTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCACGTaa < 2:2461648/140‑1 (MQ=255) aaaCTTTCATTATCCCTCCTCTTCGCCAGCGCACTATTGAAATCAGGAGTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCACGTaa < 2:4356986/140‑1 (MQ=255) aaCTTTCATTATCCCTCCTCTTCGCCAGCGCACTATTGAAATCAGGAGTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCACGTAAt < 2:1422009/140‑1 (MQ=255) aaCTTTCATTATCCCTCCTCTTCGCCAGCGCACTATTGAAATCAGGAGTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCACGTAAt < 1:6634426/140‑1 (MQ=255) tttCATTATCCCTCCTCTTCGCCAGCGCACTATTGAAATCAGGAGTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCACGTAATTcc > 1:1637520/1‑140 (MQ=255) tCATTATCCCTCCTCTTCGCCAGCGCACTATTGAAATCAGGAGTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCACGTAATTCCCt < 1:7002017/140‑1 (MQ=255) cATTATCCCTCCTCTTCGCCAGCGCACTATTGAAATCAGGAGTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCACGTAATTCCCtt > 2:4687501/1‑140 (MQ=255) cATTATCCCTCCTCTTCGCCAGCGCACTATTGAAATCAGGAGTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCACGTAATTCCCtt > 2:603112/1‑140 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(MQ=255) gACCACGTAATTCCCTTAGAGATCAATTTCCTGCCGTTTTACCTGTTGCCAGACTTCTTCCATTGTTTCGAGGTCAACACCTGTCATTTCCAGTCCACGCGCGGCAACAATACGCTCCACTTCGCGAAAACGACGCTCGa > 2:6677063/1‑140 (MQ=255) gACCACGTAATTCCCTTAGAGATCAATTTCCTGCCGTTTTACCTGTTGCCAGACTTCTTCCATTGTTTCGAGGTCAACACCTGTCATTTCCAGTCCACGCGCGGCAACAATACGCTCCACTTCGCGAAAACGACGCTCGa > 1:7416432/1‑140 (MQ=255) aCCACGTAATTCCCTTAGAGATCAATTTCCTGCCGTTTTACCTGGTGCCAGACTTCTTCCATTGTTTCGAGGTCAACACCTGTCATTTCCAGTCCACGCGCGGCAACACTACGCTCCGCTTCCCGAAAACGACGCTCGaa > 2:2961395/1‑140 (MQ=255) | ACAAACTTTCATTATCCCTCCTCTTCGCCAGCGCACTATTGAAATCAGGAGTGAGAAAATAGCCCCTTTGGGGTAAATGTTTTTGACGCAAATCAAGCGCTTGTCATTTAAAAAATGACACAAATGGCGCTTGACCGCGTAATTCCCTTAGAGATCAATTTCCTGCCGTTTTACCTGTTGCCAGACTTCTTCCATTGTTTCGAGGTCAACACCTGTCATTTCCAGTCCACGCGCGGCAACAATACGCTCCACTTCGCGAAAACGACGCTCGAA > NC_000913/2909747‑2910019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |