| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,337,788 | G→A | A35V (GCG→GTG) | mlaC ← | intermembrane phospholipid transport system ‑ periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,337,788 | 0 | G | A | 99.7% | 1933.6 / ‑5.5 | 601 | A35V (GCG→GTG) | mlaC | intermembrane phospholipid transport system ‑ periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (346/249); total (348/253) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 687 total aligned reads displayed.
ACTGGCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAATTATTTCGTTGTA > NC_000913/3337651‑3337922 | cTGGCCCAGCACCAGCGCACCGTCGTATTTCACCTTTACCTATGGCAGAAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGcaccg < 2:2920356/140‑1 (MQ=255) cTGGCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGcaccg > 2:759755/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGTATTTGCGGATGCCCATTTTTCAGGCGATCGTACGTTTTCGGCaccgcc > 2:3667842/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCatcgcc > 1:6211836/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCaccgcc > 1:6823369/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCaccgcc > 1:4937339/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCaccgcc > 1:4556884/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCGTCATGCTATCGAATGTTTTCTGCaccgcc > 1:3663757/1‑140 (MQ=255) gCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGTACCGCCt > 2:193997/1‑140 (MQ=255) gCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCACCGCCt < 1:1645553/140‑1 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cACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATtggtct > 2:645171/1‑140 (MQ=255) gTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATtg > 1:5768618/1‑131 (MQ=255) tACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGgtctggtctg > 1:7397540/1‑140 (MQ=255) tACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGgtctggtctg > 2:6966142/1‑140 (MQ=255) tACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAAC‑ATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGc > 2:1661353/1‑140 (MQ=255) aCGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGc > 2:6172767/1‑140 (MQ=255) 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agcagTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGc > 1:6057748/1‑140 (MQ=255) agcagTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCAACGCCTCGTACATAAGCTTATACGGAGTGGTGTGGTCTGCCGCGGTTGc > 2:2337772/1‑140 (MQ=255) gcagTTCCTGATCACCAATGGTACGCAGATAATCCGGTTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGcc < 1:1377185/140‑1 (MQ=255) gcagTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGcc < 1:799906/140‑1 (MQ=255) gcagTTCCGGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGTGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGcc < 2:3782567/140‑1 (MQ=255) caggTTCCTGATCAACCATGGTGCGCAGATAATCCTGGTCGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGcc < 2:3430611/137‑1 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aTCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAatt > 2:1058627/1‑140 (MQ=255) aTCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAatt > 2:7047378/1‑140 (MQ=255) aTCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAatt > 2:5389887/1‑140 (MQ=255) aTCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAatt > 2:5178737/1‑140 (MQ=255) aTCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAatt > 2:1393482/1‑140 (MQ=255) aTCGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAatt > 1:4432181/1‑140 (MQ=255) cGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAattat > 2:6672649/1‑140 (MQ=255) cGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAattat < 1:5039019/140‑1 (MQ=255) cGAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAatta < 2:4759262/139‑1 (MQ=255) gattgTTTTCTGCACCGGCTCGACCATCAGCCTATTCGGATTGGTCTGATCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAattatt < 2:3186322/136‑1 (MQ=255) gAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAattatt < 1:7526723/140‑1 (MQ=255) gAACGTTTTCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAattatt < 1:118824/140‑1 (MQ=255) cGTTTTCTGCACCGCTTCGTCCTTCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAATTATTTCg < 1:2856845/140‑1 (MQ=255) tCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAATTATTTCGTTGTa < 2:1775059/140‑1 (MQ=255) tCTGCACCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTAAAACATGCGTCAGTACTCCTGCAATTATTTCGTTGTa > 1:3527686/1‑140 (MQ=255) | ACTGGCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAATTATTTCGTTGTA > NC_000913/3337651‑3337922 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |