| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,465,949 | G→A | G136E (GGG→GAG) | gspO → | Type II secretion system prepilin peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,465,949 | 0 | G | A | 99.5% | 1372.8 / NA | 401 | G136E (GGG→GAG) | gspO | Type II secretion system prepilin peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (228/169); minor base T (1/1); total (230/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 415 total aligned reads displayed.
CAGTGTTATTGATTTTCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGGGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCC > NC_000913/3465812‑3466085 | gtgtTATTGATTTTCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTg < 1:6247960/140‑1 (MQ=255) tgtTATTGATTTTCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGc > 2:857374/1‑140 (MQ=255) tgtTATTGATTTTCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGATATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTg < 1:7368532/139‑1 (MQ=255) gttgttGATTTTCGCACTCAGCTGCTGCCCGACAAGCTTACCTTCCCGCTGCTTTAGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCTAAATGGATTAATTGATTTGTATGATGTGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGGTATGAGGAGCt < 2:4540150/140‑1 (MQ=255) gtTATTGATTTTCGCACTCAGCACCGGCCTGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCt < 1:2959176/140‑1 (MQ=255) tATTGATTTTCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCCCCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTACTGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGTTATGAGGTGCtgt < 2:1268668/140‑1 (MQ=255) aTTGATTTTCGCGCTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTGACGGCGCGTTAGCAGGCTATGAGGTGCtgtg > 2:2271435/1‑140 (MQ=255) aTTTTCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGgtgt < 2:5743614/140‑1 (MQ=255) tttCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCtgtg > 2:4136956/1‑134 (MQ=255) tttCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGgtgtgt > 1:6374419/1‑140 (MQ=255) tttCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGgtgtgt > 1:4555279/1‑140 (MQ=255) tttCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGgtgtgt > 1:6711010/1‑140 (MQ=255) tttCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGgtgtgt > 1:6891105/1‑140 (MQ=255) tttCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGgtgtgt > 1:4449144/1‑140 (MQ=255) tttCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGgtgtgt > 2:1227348/1‑140 (MQ=255) tCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCtgt < 2:6000584/131‑1 (MQ=255) cTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTgg < 2:4911313/140‑1 (MQ=255) cAGCTCCTGCCCGACGAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTgtggt < 2:7400251/127‑1 (MQ=255) cTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGt > 2:6269026/1‑140 (MQ=255) tGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTgg > 1:5162325/1‑140 (MQ=255) cccGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTTCTGCGGAGTGTTTACTGGGGCGTCTGGtt > 1:2794807/1‑140 (MQ=255) cccGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGtt > 1:7052047/1‑140 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1:497155/1‑140 (MQ=255) ccGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTcaca < 1:1849227/133‑1 (MQ=255) cGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGa < 1:1007581/140‑1 (MQ=255) cGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGa < 1:5600772/140‑1 (MQ=255) tgctCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCGGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTg > 2:7334850/1‑140 (MQ=255) tgctCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTg > 2:6496761/1‑140 (MQ=255) ctctGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTTATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACAGGGGCGTCTGGGTAATTTGTCACAAAGAGGGATTggg > 1:2149630/1‑140 (MQ=255) ctctGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACAGGGGCGTGTGGCTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTggg > 1:2644959/1‑140 (MQ=255) gcttggcttgGTATTTAGTGCGTAGTATGGAGTAAATGAGTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACg < 2:2795484/140‑1 (MQ=255) gcttggcttgGTATTCAATGCGCAGCATGTATTAATTCATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACg < 1:3343230/140‑1 (MQ=255) ttggcttggTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGt < 2:6374419/140‑1 (MQ=255) gcttggTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCTCAAAGAGGGCTTGGGCTACGGTGAt > 1:3146603/1‑140 (MQ=255) gcttggTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGt < 2:5394464/137‑1 (MQ=255) gcttggTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGAt > 1:488180/1‑140 (MQ=255) gcttggTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGAt > 2:1359235/1‑140 (MQ=255) gcttggTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGAt > 2:3985160/1‑140 (MQ=255) ggTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCa < 1:1227348/140‑1 (MQ=255) gTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTg > 2:1676379/1‑133 (MQ=255) tGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTgg > 1:6627725/1‑140 (MQ=255) gcgcAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGc < 1:1751596/140‑1 (MQ=255) gcgcAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTAACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGc < 1:6215988/140‑1 (MQ=255) cgcAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAGAGAGGGAGTGGACTGCGGTGATTTCAAGCTACTGGcc > 1:2339478/1‑140 (MQ=255) cgcAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAg > 1:5393208/1‑131 (MQ=255) cgcAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGcc > 2:292640/1‑140 (MQ=255) 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tttACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTAGCCGCTTCAGGCGCATGGtgtg > 1:2542693/1‑140 (MQ=255) tgCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCaaa < 2:5332147/140‑1 (MQ=255) tgCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCAGCAGGCGCAAGGTGTGGCTGGCaaa > 1:3697921/1‑140 (MQ=255) cGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACg < 2:7548450/140‑1 (MQ=255) ggTTTACGGCGCGGTCGCGGGCTATAAGGCGCTGTGGT‑TGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGtt < 1:2271435/140‑1 (MQ=255) gTTTACGGCGCGGTAACGGGCTGTGTGGTTCTGTGGTCTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGtt < 1:1961635/140‑1 (MQ=255) tttACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTg > 1:4282630/1‑140 (MQ=255) tttACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGAATTCAAGCTGCTGTCCGGTGCAGGCGGATGGGGTGGCTGGCAAACGTTg > 2:1961635/1‑140 (MQ=255) tACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAAc > 2:5882784/1‑134 (MQ=255) tACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAAc < 1:5882784/134‑1 (MQ=255) tACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGcc < 1:7128377/140‑1 (MQ=255) tACGGCGCGGTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGcc < 1:7271026/140‑1 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(MQ=255) ggTAGCGGGCTATGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGcc > 1:5206235/1‑132 (MQ=255) aTGAGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGcc > 2:6100068/1‑140 (MQ=255) | CAGTGTTATTGATTTTCGCACTCAGCTCCTGCCCGACAAACTCACCTTACCGCTGCTCTGGCTTGGCTTGGTATTTAATGCGCAGTATGGATTAATTGATTTACATGATGCGGTTTACGGCGCGGTAGCGGGCTATGGGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCC > NC_000913/3465812‑3466085 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |